Novas abordagens para ligação cruzada em proteômica estrutural

Autor(es)

Mariana Fioramonte

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química
• Data de defesa: 0000-00-00

Membros da banca

Fábio Cesar Gozzo; Adriana Franco Paes Leme; Richard Hemmi Valente; Ricardo Aparicio; Alessandra Sussulini

• Orientador: Fábio Cesar Gozzo

Resumo

O estudo das estruturas e conformações de proteínas e complexos proteicos é de fundamental importância em bioquímica, uma vez que a maior parte dos processos biológicos é regulada por tais macromoléculas e o conhecimento de suas estruturas pode levar ao entendimento dos mecanismos moleculares de ação das mesmas. A metodologia de ligação cruzada acoplada à espectrometria de massas tem se mostrado uma poderosa técnica para obtenção de informações estruturais de proteínas e complexos proteicos, especialmente quando os alvos estudados não são passíveis de serem analisados por técnicas de alta resolução como a cristalografia de proteínas e a ressonância magnética nuclear. O presente trabalho foi dividido em dois capítulos, ambos abordando novos desenvolvimentos para metodologia de ligação cruzada acoplada a espectrometria de massas em proteômica estrutural. No capítulo I, intitulado "Uso da ligação cruzada para o estudo de estrutura secundária de proteínas", utilizou-se dinâmica molecular em peptídeos hipotéticos para estudar a distribuição de distância entre resíduos de aminoácidos ao longo do tempo e utilizou-se essas distribuições para identificar quais sítios de aminoácidos podem ser ligados por um agente de ligação cruzada baseado em sua restrição de distância, podendo assim relacionar resíduos de aminoácidos ligados por ligação cruzada à estrutura secundária que apresentam, mostrando que a técnica é capaz de fornecer informações acerca da estrutura secundária de proteínas. O capítulo II, intitulado "Desenvolvimento de um novo agente de ligação cruzada", focou no desenvolvimento de novos agentes de ligação cruzada para a técnica de ligação cruzada, uma vez que a extensa maioria dos reagentes disponíveis comercialmente são reativos frente a grupos aminas disponíveis nos resíduos de lisina, limitando sua aplicação. Dessa forma, foi possível desenvolver uma nova reação de ligação cruzada que reage com os resíduos de aminoácidos ácidos, ácido glutâmico e ácido aspártico, bem como serinas e lisinas, adicionando novas especificidade à metodologia, aumentando o número de espécies de ligação cruzada e aplicabilidade da técnica (AU)

• Processo FAPESP: 12/10862-7 - Proteômica Estrutural por Ligação Cruzada Acoplada a Espectrometria de Massas: Desenvolvimentos, Estudos Fundamentais e Aplicações.
• Beneficiário: Mariana Fioramonte
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado