Análise de dados por imputação de sequenciamento de baixa cobertura Seleção de marcadores e genética populacional.

Autor(es)

Marcus Vinicius Niz Alvarez

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Instituição: Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu).
• Data de defesa: 27 abr. 2020
• Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla

Resumo

Introdução: O desenvolvimento de estratégias para redução no custo do sequenciamento de genoma completo (WGS) é importante para projetos que demandam por grandes quantidades de amostras. Uma estratégia de baixo custo é o sequenciamento de baixa cobertura aliado a técnicas de imputação para genotipagem eficiente e de confiabilidade adequada. A malária é uma das principais doenças transmitidas por artrópodes no mundo e o Brasil é considerado um país com alta incidência de malária, principalmente na região Amazônica, sendo principal vetor o mosquito Anopheles darlingi. Objetivo: O objetivo do presente estudo foi desenvolver estratégia para analisar dados de WGS de baixa cobertura de mosquitos Anopheles darlingi coletados no município de Mâncio Lima no Acre e verificar associação entre dados genéticos e dados de importância epidemiológica, tais como comportamento de picada, horário de atividade e distanciamento em escala microgeográfica. Materiais e métodos: Amostras de mosquitos Anopheles darlingi foram coletadas no município de Mâncio Lima - AC, entre 2016 e 2017. As bibliotecas foram preparadas com Nextera™ XT e sequenciadas no NextSeq500 da Illumina. Foi realizado genotipagem por sequenciamento e aplicado imputação. Estudos de associação ampla do genoma foram realizados com comportamento de picada e horário de atividade. Sinais de estratificação na população foram investigados por FST amplo no genoma e teste de permutação para significância. Resultados: Sinais fracos porém si... (AU)

• Processo FAPESP: 18/07406-6 - Análise de dados por imputação de sequenciamento de baixa cobertura: detecção de marcadores e genética populacional
• Beneficiário: Marcus Vinicius Niz Alvarez
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado