O sequenciamento completo do exoma deve ser a primeira abordagem genético-molecular para crianças com baixa estatura sindrômica sem diagnóstico clínico

Autor(es)

Bruna Lucheze Freire

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina (FM/SBD)
• Data de defesa: 2021-10-26

Membros da banca

Alexander Augusto de Lima Jorge; Chong Ae Kim; Adriana Aparecida Siviero Miachon

• Orientador: Alexander Augusto de Lima Jorge

Resumo

As doenças que comprometem o crescimento humano apresentam uma forte influência genética. O objetivo geral do projeto foi avaliar a utilidade do sequenciamento completo do exoma como primeira abordagem genético-molecular na investigação da etiologia da baixa estatura sindrômica de pacientes sem diagnóstico clínico reconhecido. Para tanto os pacientes com características sindrômicas foram submetidos a extensa avaliação clínica em nosso ambulatório e nos casos selecionados, foi utilizado o sequenciamento completo do exoma para estabelecer etiologia genética responsável pelo distúrbio de crescimento. Desta forma foram selecionados de forma prospectiva 86 pacientes com baixa estatura (escore-Z de altura menor ou igual a -2) ou baixa estatura em relação ao seu padrão familiar (escore-Z da altura do paciente menos escore-Z da altura alvo -2) associado a dismorfismos, malformações congênitas maiores, distúrbios de desenvolvimento neuropsicomotor ou déficit intelectual. Os pacientes selecionados não apresentam diagnóstico clínico ou a suspeita clínica inicial foi afastada por estudo molecular prévio baseado em gene candidato. Foram selecionados 86 pacientes que foram avaliados em nosso ambulatório. Estes foram submetidos ao sequenciamento do exoma com captura das regiões alvo pela tecnologia SureSelect (Agilent) ou xGen Exome Research Panel v2 (IDT). Em casos 61 casos apenas o probando foi inicialmente analisado em 25 houve a análise conjunta com outros familiares (trios). A análise das amostras gerou uma cobertura média de 152 vezes e com mais de 98,15% da região alvo com cobertura > 10 reads. Nestas amostras foram identificadas 47 variantes deletérias em 41 pacientes. Em 22 pacientes as variantes foram consideradas patogênicas e em 19 provavelmente patogênicas. Dentre as variantes consideradas patogênicas ou provavelmente patogênicas houve uma grande heterogeneidade entre os genes, sendo identificadas variantes nos genes ACTB, AFF4, ANKRD11, BCL11B(x2), BRCA1, CHD7,COL2A1(x3), DPH1, DYRK1A, FBN1, FOXP1, GINS1, HDAC8. IGF1R, INPP5K, KIF11, KDM5C, KMT2A, KIF11, KRAS, MVK, PCNT, PDHA1, POC1A, POLG1, PUF60, RPL5, RPS6KA3, SCN1A, SCUBE3, SETD5, SMARCA4, SRCAP(x2), STAT5B, TERT, além de 3 duplicações e 1 deleção encontradas pela análise de CNVs. Podemos concluir que a técnica de sequenciamento paralelo em larga escala de exoma foi eficiente em estabelecer o diagnóstico molecular da baixa estatura sindrômica, e foi possível identificar a etiologia genética em 47,7% da casuística estudada (AU)

• Processo FAPESP: 18/10893-6 - Avaliação prospectiva do uso do sequenciamento exômico na investigação etiológica de pacientes sindrômicos com baixa estatura sem diagnóstico clínico
• Beneficiário: Bruna Lucheze Freire
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado