OmicScope: from quantitative proteomics to systems biology = OmicScope: da proteômica quantitativa à biologia de sistemas

Autor(es)

Guilherme Reis de Oliveira

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
• Data de defesa: 2024-03-18

Membros da banca

Daniel Martins de Souza; Helder Takashi Imoto Nakaya; Mariana Lima Boroni Martins; Paulo Costa Carvalho; Thiago Verano Braga

• Orientador: Daniel Martins de Souza; Alessandro dos Santos Farias

Resumo

A análise em larga escala de proteínas tem avançado significativamente a nossa compreensão sobre fenômenos naturais, da busca por biomarcadores à descoberta de novos mecanismos biológicos. Neste contexto, a proteômica baseada em espectrometria de massas se destaca como a principal abordagem para análise quantitativa de proteínas em sistemas biológicos. Embora apresente uma vantagem intrínseca na geração de informação, analisar essa extensa quantidade de dados implica diversos desafios que demandam grande investimento de tempo, como realizar análises de proteômica diferencial, análises de enriquecimento, busca por interação proteína-proteína, integração de resultados independentes, e outras aplicações. Nesta tese, apresentamos o OmicScope, um pacote desenvolvido para as análises de dados que sucedem os processos de identificação e quantificação de proteínas. O OmicScope é dividido em três componentes principais que realizam, respectivamente, proteômica diferencial, análise de enriquecimento e meta-análise. Cada módulo oferece seu próprio conjunto de funções, que incluem a geração de figuras e de redes, permitindo a análise dos dados a nível de sistemas. Além de sua distribuição como pacote Python, o OmicScope também pode ser acessado como um aplicativo web através do endereço https://omicscope.ib.unicamp.br/. Para demonstrar as melhorias trazidas pelo OmicScope ao nosso laboratório, dois artigos originais desenvolvidos pelo nosso grupo foram incluídos nessa tese, exemplificando os avanços no nosso fluxo de análise de dados e a apresentação dos resultados, tanto antes quanto durante o desenvolvimento da ferramenta (AU)

• Processo FAPESP: 18/01410-1 - Avaliação dos efeitos da clozapina em células do sistema imune
• Beneficiário: Guilherme Reis-De-Oliveira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto