Caracterização genômica e funcional do RMEL3, um RNA longo não codificante de expressão enriquecida em melanoma

Autor(es)

Lucas Goedert

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Ribeirão Preto.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC)
• Data de defesa: 2019-08-02

Membros da banca

Enilza Maria Espreafico; Leticia Fröhlich Archangelo; Patricia Abrão Possik

• Orientador: Enilza Maria Espreafico

Resumo

Trabalhos anteriores do nosso grupo identificaram RMEL3 como um RNA longo não codificante (lncRNA) com expressão enriquecida em melanoma. No presente trabalho, através da análise dos dados públicos de melanoma do The Cancer Genome Atlas (TCGA), confirmou-se a expressão enriquecida de RMEL3 em melanoma comparado a tecidos normais e a outros tipos de cânceres. Identificamos que pacientes de melanoma portadores da mutação BRAFV600E apresentam maior expressão de RMEL3 e demonstramos que o bloqueio dessa oncoproteína reduz os níveis de expressão de RMEL3 em 60%, revelando-a como um regulador a montante desse lncRNA. O silenciamento de RMEL3 mediado por shRNA reduziu drasticamente a formação de colônias (90%) e a migração (85%) na linhagem celular de melanoma A375, o que é amparado por dados de maior expressão de RMEL3 em tumores fenotipicamente invasivos e em processo de início de metástase. O fenótipo observado é, pelo menos parcialmente, explicado pelo perfil transcriptômico associado a esse lncRNA, onde há a regulação de processos como sinalização de p53 e transição epitélio-mesenquimal, assim como, forte correlação com componentes e efetores das vias MAPK e PI3K. Identificamos a existência de diferentes isoformas de RMEL3 com distribuições intracelulares distintas, o que permite sua atuação em funções moleculares independentes. A análise do banco de dados do TCGA revelou a possibilidade de RMEL3 atuar como uma esponja para microRNAs favorecendo a expressão de genes pró-tumorigênicos como FGF2 e Bcl-2 e, além disso, a expressão de RMEL3 mostrou-se fortemente correlacionada com uma hipermetilação do genoma e parece contrabalancear a hipometilação induzida por BRAFV600E, afetando alvos diferentes. Além disso, o ensaio de pulldown do transcrito nativo de RMEL3 seguido de espectrometria de massas identificou diversas proteínas ligantes de RMEL3 envolvidas com processos que, conhecidamente, sustentam a progressão tumoral como glicólise e a via de MAPK. Dessa forma, o conjunto de dados de pacientes do TCGA e os dados funcionais demonstram que RMEL3 é importante para sinalização de MAPK e PI3K e o seu silenciamento afeta negativamente aspectos que compõem a malignidade de melanomas com a mutação de BRAFV600E. (AU)

• Processo FAPESP: 14/07726-0 - Caracterização genômica e funcional de genes de expressão restrita a melanoma (RMELs)
• Beneficiário: Lucas Goedert
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto