Texto completo
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| Autor(es): |
Ronaldo Junio de Oliveira
Número total de Autores: 1
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| Tipo de documento: | Tese de Doutorado |
| Imprenta: | São José do Rio Preto. 115 f. |
| Instituição: | Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (Campus de São José do Rio Preto) |
| Data de defesa: | 01-08-2011 |
| Membros da banca: |
Antônio Francisco Pereira de Araújo;
Nelson Augusto Alves;
Luis Paulo Barbour Scott;
José Roberto Ruggiero
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| Orientador: | Vitor Barbanti Pereira Leite; Jorge Chahine |
| Resumo | |
A difusão desempenha um papel importante na cinética de eno-velamento de proteínas. Nessa tese, desenvolvemos métodos analíticos e computacionais para o estudo do coeficiente de difusão dependente da posi-ção e do tempo. Para estes estudos, utilizou-se sobretudo o modelo baseado na estrutura (modelo G¯o) via simulação computacional da representação em carbonos alfa. Investigou-se o efeito da difusão no enovelamento da proteína cold-shock (TmCSP). Encontrou-se que o efeito temporal da difusão leva a cinéticas não-exponenciais e a estatística não-poissônica da distribuição de tempos de enovelamento. Com relação a dependência com a posição, o coeficiente de difusão revelou ter um comportamento não-monotônico que foi compreendido pela análise dos valores- e da entropia residual no estado nativo. Para uma versão frustrada do modelo, encontrou-se que um baixo nível de frustração energética aumenta a difusão no estado nativo e torna o estado de transição mais homogêneo. Esses resultados corroboram com experimentos recentes de fluorescência de uma única molécula. Esse trabalho também propõe um método para a determinação da superfície de energia de enovelamento de proteína. A partir da caracterização da superfície de energia, definimos a quantidade (LD – Landscape Descriptor) que mostrou uma forte correlação entre a cinética e a termodinâmica de uma dezena de proteínas globulares, tornando-se um método útil para classificar proteínas (AU) | |
| Processo FAPESP: | 07/04647-8 - Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteínas |
| Beneficiário: | Ronaldo Júnio de Oliveira |
| Linha de fomento: | Bolsas no Brasil - Doutorado |