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Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteína

Texto completo
Autor(es):
Ronaldo Junio de Oliveira
Número total de Autores: 1
Tipo de documento: Tese de Doutorado
Imprenta: São José do Rio Preto. 115 f.
Instituição: Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (Campus de São José do Rio Preto)
Data de defesa:
Membros da banca:
Antônio Francisco Pereira de Araújo; Nelson Augusto Alves; Luis Paulo Barbour Scott; José Roberto Ruggiero
Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite; Jorge Chahine
Resumo

A difusão desempenha um papel importante na cinética de eno-velamento de proteínas. Nessa tese, desenvolvemos métodos analíticos e computacionais para o estudo do coeficiente de difusão dependente da posi-ção e do tempo. Para estes estudos, utilizou-se sobretudo o modelo baseado na estrutura (modelo G¯o) via simulação computacional da representação em carbonos alfa. Investigou-se o efeito da difusão no enovelamento da proteína cold-shock (TmCSP). Encontrou-se que o efeito temporal da difusão leva a cinéticas não-exponenciais e a estatística não-poissônica da distribuição de tempos de enovelamento. Com relação a dependência com a posição, o coeficiente de difusão revelou ter um comportamento não-monotônico que foi compreendido pela análise dos valores- e da entropia residual no estado nativo. Para uma versão frustrada do modelo, encontrou-se que um baixo nível de frustração energética aumenta a difusão no estado nativo e torna o estado de transição mais homogêneo. Esses resultados corroboram com experimentos recentes de fluorescência de uma única molécula. Esse trabalho também propõe um método para a determinação da superfície de energia de enovelamento de proteína. A partir da caracterização da superfície de energia, definimos a quantidade (LD – Landscape Descriptor) que mostrou uma forte correlação entre a cinética e a termodinâmica de uma dezena de proteínas globulares, tornando-se um método útil para classificar proteínas (AU)

Processo FAPESP: 07/04647-8 - Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteínas
Beneficiário:Ronaldo Júnio de Oliveira
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado