CV Lattes
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Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP) (Instituição Sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (2001), Doutora em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2006) com Pós-doutorado no Institute for Systems Biology, Seattle-EUA (2008). É docente do Departamento de Bioquímica e Imunologia - FMRP- USP, livre-docente em Bioquímica (2020). Atua na área de Microbiologia, Bioquímica e Biologia Molecular, com ênfase em Biologia Sistêmica, analisando dados de expressão gênica em larga escala e auxiliando no desenvolvimento de ferramentas de bioinformática. Áreas de interesse: regulação da expressão gênica, microbiologia, resposta a estresses ambientais, integração de dados em larga-escala para formulação de modelos preditivos da célula, RNAs não codificantes, organismos procarióticos, archaea, bioinformática. (Fonte: Currículo Lattes)
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RNAs circulares (circRNAs) são moléculas de RNA com extremidades 5' e 3' covalentementeligadas. Suas funções variam desde atuar como reguladores genéticos até produzir proteínas, e são frequentemente expressos de maneira específica para cada tecido e condição. O sequenciamento de última geração com tratamento prévio de RNA com a exonuclease RNase R (circRNA-Seq) tem sido utilizado para id…
O processamento pós-transcricional de um RNA mensageiro é uma estratégia regulatória importante que permite respostas rápidas a mudanças em condições ambientais. Na biologia sistêmica de halófilos, a perspectiva da proteína deste problema (ie, as ribonucleases que realizam as clivagens) tem sido mais estudada do que a perspectiva do RNA (ie, sítios de processamento). Neste estudo in silic…
RNAs antisense estão presentes em diversos organismos e apresentam um papel importante na regulação gênica. Neste trabalho, mapeamos o transcritoma antisense primário na archaea halofílica Halobacterium salinarum NRC-1. A partir da reanálise de dados públicos, mapeamos os inícios de transcrição antisense (aTSS) e inferimos a localização provável da extremidade 3' desses transcritos. Anal…
A hipótese da transcrição pervasiva, onde todo o DNA de um organismo está associado a pelo menos um transcrito, tem se fortalecido com a aquisição massiva de dados de transcritoma. Uma questão importante que surge neste contexto é a funcionalidade e regulação desses transcritos na rede de regulação gênica de um dado organismo, principalmente de transcritos antisense a genes anotados. Nest…
O mapeamento de inícios de transcrição (TSS - transcription start site) dos genes tem permitido uma compreensão mais detalhada da regulação gênica, seja na localização de promotores ou na identificação de isoformas de transcritos. A técnica de dRNAseq (differential RNA seq) tem sido utilizada em procariotos para realizar o mapeamento global de TSS, revelando diversas isoformas de transcri…
RNAs circulares (circRNAs) são moléculas de RNA com extremidades 5' e 3' covalentemente ligadas descobertas em vírus/viroides e depois em eucariotos. Antes considerados como subprodutos de splicing, hoje sabe-se que os circRNAs podem ter diversas funções, desde reguladores da expressão gênica a moldes para tradução. Experimentos de sequenciamento de nova geração têm sido utilizados na id…
Halobacterium salinarum NRC-1 é um extremófilo halófilo que, por pertencer ao domínio Archaea, possui características de eucariotos e bactérias. Devido ao fácil cultivo em laboratório, H.salinarum se tornou um modelo para estudos genéticos, muitos dos quais caracterizam seu genoma como altamente instável devido a alta frequência de mutantes espontâneos (H1 x 10 -2 ). Nosso grupo de pesqui…
Sequências de inserção (IS) são elementos genéticos móveis amplamente distribuídos nos procariontes e que causam grande impacto no genoma que as abrigam. Dependendo da situação, o impacto desses elementos pode ser benéfico ao hospedeiro, promovendo a diversidade genética e a modulação da expressão gênica. Por outro lado, são comuns eventos de mobilização que causam prejuízo, como por exem…
A abundância de RNAs circulares (circRNAs) tem sido reportada recentemente em organismos de todos os domínios da vida, indicando a sua importância nas redes de regulação gênica. No domínio Archaea, Halobacterium salinarum tem se consolidado como um organismo modelo, visto a facilidade de cultivo e manipulação em laboratório, aliada a abundância de dados em escala genômica, o que permitiu …
RNAs circulares (circRNAs) são moléculas de RNA com as extremidades 5' e 3' covalentemente ligadas. Eles possuem funções desde de reguladores da expressão gênica a moldes para tradução. Experimentos de sequenciamento de nova geração com tratamento com RNase R (Circ-Seq) têm sido utilizados amplamente na identificação de RNAs circulares em diversos organismos, especialmente em eucariotos. …
Nosso projeto principal tem como objetivo a identificação dos componentes da regulação de sequências de inserção em Halobacterium salinarum, principalmente aqueles que agem no nível pós-transcricional. Identificamos diversos RNAs codificadores de transposase que se acoplam à proteína LSm, a qual pode reprimir ou induzir a tradução de transcritos. Quantificamos a mobilização de sequências …