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Modelo Algébrico de Rearranjo de Genomas

Processo: 12/13865-7
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2012
Data de Término da vigência: 14 de março de 2016
Área de conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Pesquisador responsável:João Meidanis
Beneficiário:João Paulo Pereira Zanetti
Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):13/07868-6 - Modelo algébrico de rearranjo de genomas, BE.EP.DR
Assunto(s):Biologia computacional
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Biologia Computacional | Rearranjo de Genomas | Biologia Computacional

Resumo

O problema de rearranjo de genomas consiste em minimizar quantos eventos evolutivos separam dois genomas. Esta é a base para um dos temas mais estudados na biologia computacional. O Modelo Algébrico de Rearranjo de Genomas é uma forma de definir rearranjo de genomas utilizando ferramentas consolidadas da teoria de grupos.Neste doutorado, pretendemos estudar a aplicação do modelo algébrico ao problema da mediana de genomas e outros problemas relacionados, buscando situações onde as soluções podem ser computadas eficientemente ou onde algoritmos aproximados eficientes existam.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PEREIRA ZANETTI, JOAO PAULO; BILLER, PRISCILA; MEIDANIS, JOAO. Median Approximations for Genomes Modeled as Matrices. Bulletin of Mathematical Biology, v. 78, n. 4, p. 786-814, . (12/14104-0, 12/13865-7)
BILLER, PRISCILA; PEREIRA ZANETTI, JOAO PAULO; MEIDANIS, JOAO; SETUBAL, JC; SILVA, WM. Center Genome with Respect to the Rank Distance. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, BSB 2020, v. 12558, p. 9-pg., . (12/13865-7, 12/14104-0, 18/00031-7)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
ZANETTI, João Paulo Pereira. Methods for phylogenetic reconstruction. 2016. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Computação Campinas, SP.