Detectando genes e regiões genômicas sob seleção balanceadora no Genoma Humano

Resumo

Embora aceita como um importante processo evolutivo, a seleção balanceadora tem sido explorada em poucos scans do genoma. Os estudos que buscaram sinais de seleção balanceadora no genoma humano utilizaram dados de SNP e abordagens de pouco poder ou dados de sequências limitados à porção codificadora do genoma de amostras de poucas populações. O nosso primeiro objetivo é o de identificar regiões codificadoras e não-codificadoras do genoma candidatas à ação da seleção balanceadora, buscando regiões com variação aumentada e espectro de frequências (SFS) alterado. Tendo definido esses alvos, vamos discutir as características biológicas desses genes compatíveis ação da seleção balanceadora. Até o momento, nenhum estudo examinou regiões não-codificadoras em busca de sinais de seleção balanceadora usando dados de resequenciamento e, portanto, um estudo em escala genômica usando genótipos resequenciados representa uma meta original. O nosso segundo objetivo consiste em tirar vantagem do fato de que dados completos de resequenciamento estão disponíveis para quatro populações humanas (Projeto dos 1000 genomas). Isto irá permitir-nos comparar se os genes sob seleção balanceadora são compartilhados entre as populações, e se este compartilhamento está relacionado à geografia. Vamos analisar os dados do Projeto dos 1000 genomas seqüenciados para 12 populações de baixa cobertura, usando abordagens outlier para SFS e HKA, como anteriormente implementado por Andres et. al (2009). Vamos avaliar o viés de averiguação introduzido pelo sequencimento de próxima geração (NGS), comparando nossos resultados com os obtidos com um conjunto de dados de alta cobertura. (AU)