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Elaboração de um pacote em R para uso em pesquisa de genética quantitativa

Processo: 14/01694-9
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Data de Início da vigência: 01 de março de 2014
Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2015
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Quantitativa
Pesquisador responsável:Gabriel Henrique Marroig Zambonato
Beneficiário:Diogo Amaral Reboucas Melo
Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/14295-7 - Modularidade e suas consequências evolutivas, AP.TEM
Assunto(s):Biologia evolutiva   Evolução morfológica   Estudos de validação   Análise de dados
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Evolução morfológica | matriz de covariância | Modularidade | Biologia Evolutiva e Computacional

Resumo

O Laboratório de Evolução de mamíferos conta com um repositório público, no qual são centralizados códigos de uso comum. Neste repositório temos rotinas de análises estatísticas (como ajuste de modelos lineares, estimavas e comparação de matrizes de variância-covariância, detecção e validação de módulos variacionais, geração de matrizes aleatórias, testes de rarefação, construção de intervalos de confiança via bootstrap, entre outros), bem como modelos computacionais de simulação de populações biológicas e estimativas de estados ancestrais. Para que essas mesmas rotinas possam ser utilizadas amplamente pela comunidade científica, um processo de padronização maior deve se estabelecer, com a criação de testes de validação automatizados e documentação clara, em inglês e português, permitindo, então, sua atualização contínua e garantindo sempre que os códigos estejam produzindo resultados corretos. Além da produção de um pacote de funções ligadas a análise de dados em morfometria tradicional e geométrica, pretendemos também padronizar a armazenagem e representação de dados de morfometria no sistema R, facilitando a limpeza de dados, identificação e tratamento de dados anômalos (outliers), criação de visualizações e compartilhamento de rotinas e dados entre pesquisadores. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
WOLF, JASON B.; HOWIE, JENNIFER A.; PARKINSON, KATIE; GRUENHEIT, NICOLE; MELO, DIOGO; ROZEN, DANIEL; THOMPSON, CHRISTOPHER R. L.. Fitness Trade-offs Result in the Illusion of Social Success. Current Biology, v. 25, n. 8, p. 1086-1090, . (14/01694-9, 11/14295-7)