Dinâmica molecular de hidrólise enzimática de celulose e simulações de QM/MM de reações químicas em sistemas biomoleculares

Resumo

O bolsista deverá aplicar técnicas modernas de simulações de DM para estudar proteínas de interesse para a conversão de biomassa celulósica em açúcares solúveis simples. O nosso interesse é o de explorar a ligação proteína-substrato em nível atomístico para compreender os mecanismos de hidrólise catalítica dos polissacarídeos. Para tal, propomos a aplicação de métodos DFT e QM/MM a polissacarídeos ancorados nos sítios ativos correspondentes das enzimas.Abordagens semelhantes poderão ser usadas para estudar reações de fosforilação e acetilação em outras proteínas, especialmente de receptores nucleares, que constituem uma importante classe de proteínas que o nosso grupo tem estudado durante quase uma década.Mapas de correlação generalizada em complexos de proteínas também são de interesse do nosso Centro de Cepid, em especial sobre NRs e outros reguladores do fator de transcrição. Recentemente, obtivemos resultados importantes relativos a mecanismos alostéricos em NRs usando correlações generalizadas e análise de conectividade para o complexo completo PPARg/RXR/DNA. Aqui propomos uma extensão natural e importante deste trabalho, investigando mapas de conectividade no complexo inovador CRISPR/Cas. (AU)