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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

QTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny

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Autor(es):
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Costa, E. A. ; Anoni, C. O. ; Mancini, M. C. ; Santos, F. R. C. ; Marconi, T. G. ; Gazaffi, R. ; Pastina, M. M. ; Perecin, D. ; Mollinari, M. ; Xavier, M. A. ; Pinto, L. R. ; Souza, A. P. ; Garcia, A. A. F.
Número total de Autores: 13
Tipo de documento: Artigo de Revisão
Fonte: EUPHYTICA; v. 211, n. 1, p. 1-16, SEP 2016.
Citações Web of Science: 7
Resumo

Quantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a bi-parental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation ratio of each mapped QTL (1:2:1, 3:1 or 1:1). Our results provide information about the genetic organization of the sugarcane genome and constitute the first step toward a better dissection of complex traits. (AU)

Processo FAPESP: 10/50549-0 - Construção de um mapa funcional e mapeamento FR QTLs de importância econômica em uma população derivada de cruzamento comercial bi-parental em cana-de-açúcar
Beneficiário:Melina Cristina Mancini
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 10/06715-3 - Uso da imputação de dados para desenvolvimento de modelos para mapeamento de QTL's em progênie de irmãos completos, com ênfase em cana-de-açúcar
Beneficiário:Carina de Oliveira Anoni
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 10/50031-1 - Mapeamento genético-funcional em cana-de-açúcar e localização de QTLs de importância econômica
Beneficiário:Estela Araujo Costa
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 08/52197-4 - Genomic-assisted breeding of sugarcane: using molecular markers for understanding the genetic architecture of quantitative traits and to implement marker assisted selection
Beneficiário:Anete Pereira de Souza
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
Processo FAPESP: 05/55258-6 - Mapeamento genético e identificação de marcadores moleculares genômicos e funcionais associados a características agronômicas de interesse em cana-de-açúcar
Beneficiário:Luciana Rossini Pinto Machado da Silva
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 08/57908-6 - Instituto Nacional de Biotecnologia para o Bioetanol
Beneficiário:Marcos Silveira Buckeridge
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático