Uso da imputação de dados para desenvolvimento de modelos para mapeamento de QTL's em progênie de irmãos completos, com ênfase em cana-de-açúcar

• Processo: 10/06715-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2012
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Antonio Augusto Franco Garcia
• Beneficiário: Carina de Oliveira Anoni
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52197-4 - Genomic-assisted breeding of sugarcane: using molecular markers for understanding the genetic architecture of quantitative traits and to implement marker assisted selection, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Melhoramento genético Locos de características quantitativas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: caracteres quantitativos | composite interval mapping | Imputação | Qtl | statistical genetics polyploids | Melhoramento Genético

Resumo

A cana-de-açúcar é uma espécie vegetal de suma importância econômica e social. O sucesso dessa atividade econômica está relacionado com os programas de melhoramento genético. A complexidade do genoma da cana-de-açúcar, como o alto grau de ploidia, com freqüente aneuploidia dificulta o seu melhoramento genético. Uma vez que caracteres de importância agronômica e industrial são de caráter quantitativo, o mapeamento de QTL's pode então ser importante para o melhor entendimento da arquitetura genética de tais caracteres e aperfeiçoar os programas de melhoramento. Mapear QTL's significa fazer inferências em todo o genoma sobre as relações entre o genótipo e o fenótipo de caracteres quantitativos. Entretanto no mapeamento de QTL's é comum a ocorrência de falta de informação do genótipo, pois nas posições localizadas entre os marcadores genéticos, os dados do genótipo do QTL não estão disponíveis. A falta de informação pode ser inferida a partir dos marcadores genéticos existentes, e nesse sentido métodos de imputação poderiam ser considerados uma vez que possibilitariam a identificação de regiões com eventual presença de QTL's. Os objetivos do presente trabalho são o desenvolvimento de uma nova abordagem considerando a imputação do genótipo faltante, para o mapeamento de QTL's em F1 segregantes baseada no modelo de no mapeamento por intervalo composto (CIM) proposta por Gazzafi (2009); usar tal abordagem para mapeamento de QTL's para caracteres de importância agronômica e industrial em cana-de-açúcar e fazer uma comparação da nova abordagem com as metodologias já existentes.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

COSTA, E. A.; ANONI, C. O.; MANCINI, M. C.; SANTOS, F. R. C.; MARCONI, T. G.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; PERECIN, D.; MOLLINARI, M.; XAVIER, M. A.; et al. QTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny. EUPHYTICA, v. 211, n. 1, p. 1-16, SEP 2016. (10/50031-1, 10/06715-3, 05/55258-6, 10/50549-0, 08/52197-4, 08/57908-6)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ANONI, Carina de Oliveira. Mapeamento de QTLs em progênie de irmãos-completos de cana-de-açúcar utilizando imputação múltipla. 2012. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.