Mathematical characterization of three-dimensional gene expression patterns

Autor(es)

Costa, L. da F. ; Barbosa, M. S. ^[2] ; Manoel, E. T. M. ; Streicher, J. ; Müller, G. B.

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Bioinformatics; v. 20, n. 11, p. 1653-1662, Jul. 2004.
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação
• Assunto(s): Metodologia e técnicas de computação Expressão gênica Embrião

Resumo

The importance of a systematic methodology for the mathematical characterization of three-dimensional gene expression patterns in embryonic development. By combining lacunarity and multiscale fractal dimension analyses with computer-based methods of three-dimensional reconstruction, it becomes possible to extract new information from in situ hybridization studies. Lacunarity and fractality are appropriate measures for the cloud-like gene activation signals in embryonic tissues. The newly introduced multiscale method provides a natural extension of the fractal dimension concept, being capable of characterizing the fractality of geometrical patterns in terms of spatial scale. This tool can be systematically applied to three-dimensional patterns of gene expression. Applications are illustrated using the three-dimensional expression patterns of the myogenic marker gene Myf5 in a series of differentiating somites of a mouse embryo. (AU)

• Processo FAPESP: 02/02504-1 - Dynamic shape analysis
• Beneficiário: Marconi Soares Barbosa
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 99/12765-2 - Desenvolvimento e avaliação de métodos originais e precisos em análise de formas e imagens e visão computacional
• Beneficiário: Luciano da Fontoura Costa
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático