CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses

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Russo, Pedro S. T. ^[1] ; Ferreira, Gustavo R. ^[1] ; Cardozo, Lucas E. ^[1] ; Buerger, Matheus C. ^[1] ; Arias-Carrasco, Raul ^[2] ; Maruyama, Sandra R. ^[3] ; Hirata, Thiago D. C. ^[1] ; Lima, Diogenes S. ^[1] ; Passos, Fernando M. ^[1] ; Fukutani, Kiyoshi F. ^[3] ; Lever, Melissa ^[1] ; Silva, Joao S. ^[3] ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ^[2] ; Nakaya, Helder I. ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Sch Pharmaceut Sci, Dept Clin & Toxicol Anal, BR-05508900 Sao Paulo, SP - Brazil

^[2] Univ Chile, Adv Ctr Chron Dis ACCDiS, Fac Ciencias Quim & Farmaceut, Santiago - Chile

^[3] Univ Sao Paulo, Dept Biochem Immunol & Cell Biol, Ribeirao Preto, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: BMC Bioinformatics; v. 19, FEB 20 2018.
• Citações Web of Science: 15

Resumo

Background: The analysis of modular gene co-expression networks is a well-established method commonly used for discovering the systems-level functionality of genes. In addition, these studies provide a basis for the discovery of clinically relevant molecular pathways underlying different diseases and conditions.\& para;\& para;Results: In this paper, we present a fast and easy-to-use Bioconductor package named CEMiTool that unifies the discovery and the analysis of co-expression modules. Using the same real datasets, we demonstrate that CEMiTool outperforms existing tools, and provides unique results in a user-friendly html report with high quality graphs. Among its features, our tool evaluates whether modules contain genes that are over-represented by specific pathways or that are altered in a specific sample group, as well as it integrates transcriptomic data with interactome information, identifying the potential hubs on each network. We successfully applied CEMiTool to over 1000 transcriptome datasets, and to a new RNA-seq dataset of patients infected with Leishmania, revealing novel insights of the disease's physiopathology.\& para;\& para;Conclusion: The CEMiTool R package provides users with an easy-to-use method to automatically implement gene co-expression network analyses, obtain key information about the discovered gene modules using additional downstream analyses and retrieve publication-ready results via a high-quality interactive report. (AU)

• Processo FAPESP: 15/25825-8 - Análise de redes regulatórias metabólicas na inflamação
• Beneficiário: Melissa Lever
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 13/08216-2 - CPDI - Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias
• Beneficiário: Fernando de Queiroz Cunha
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
• Processo FAPESP: 12/19278-6 - Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores
• Beneficiário: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 14/19323-7 - RNAs não-codificadores longos como potenciais biomarcadores para artrite
• Beneficiário: Gustavo Rodrigues Ferreira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Processo FAPESP: 14/24162-2 - Análise dos mecanismos regulatórios transcricionais mediados por microRNAs na síndrome metabólica
• Beneficiário: Thiago Dominguez Crespo Hirata
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 17/05762-7 - ConsensusGraph: identificação de redes gênicas consenso
• Beneficiário: Pedro de Sá Tavares Russo
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 15/20897-0 - ConsensusGraph: Avaliando a Estabilidade de Redes Gênicas
• Beneficiário: Pedro de Sá Tavares Russo
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado