TKSA-MC: A web server for rational mutation through the optimization of protein charge interactions

Autor(es)

Contessoto, Vinicius G. ^{[1, 2]} ; de Oliveira, Vinicius M. ^[1] ; Fernandes, Bruno R. ^[1] ; Slade, Gabriel G. ^{[1, 3]} ; Leite, Vitor B. P. ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Sao Paulo State Univ UNESP, Inst Biosci Letters & Exact Sci, Dept Phys, BR-15054000 Sao Paulo - Brazil

^[2] Brazilian Bioethanol Sci & Technol Lab CTBE, Sao Paulo - Brazil

^[3] Univ Fed Triangulo Mineiro, Inst Ciencias Exatas Nat & Educ, Dept Fis, Theoret Biophys Lab, Uberaba, MG - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS; v. 86, n. 11, p. 1184-1188, NOV 2018.
• Citações Web of Science: 2

Resumo

The TKSAMC is a web server which calculates protein charge-charge interactions via the Tanford-Kirkwood Surface Accessibility model with the Monte Carlo method for sampling different protein protonation states. The optimization of charge-charge interactions via directed mutations has successfully enhanced the thermal stability of different proteins and could be a key to protein engineering improvement. The server presents the electrostatic free energy contribution of each polar-charged residue to the protein native state stability. Specific residues are suggested to be mutated for improving thermal stability. The choice of a residue is based on its fraction of side chain exposed to solvent and its positive free energy contribution, which tends to destabilize the protein native state. Any residue energy contribution can be shown as a function of pH condition. The web server is freely available at UNESP (Sao Paulo State University - DF/IBILCE): and also on GitHub . (AU)

• Processo FAPESP: 16/13998-8 - Evolução racional por métodos computacionais aplicados na predição de mutações no desenvolvimento de enzimas para produção de biocombustíveis
• Beneficiário: Vinícius de Godoi Contessoto
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 16/19766-1 - Relevo de superfícies de energia de macromoléculas biológicas com aplicações em biotecnologia e em biomedicina
• Beneficiário: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 14/06862-7 - Estudos computacionais em enovelamento de proteínas e engenharia de enzimas envolvidas na geração de bioetanol
• Beneficiário: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 17/09662-7 - Evolução racional por métodos computacionais aplicada em enzimas relacionadas com a produção de bioetanol
• Beneficiário: Vinícius de Godoi Contessoto
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado