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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Prediction of kinetics of protein folding with non-redundant contact information

Texto completo
Autor(es):
Censoni, Luciano [1, 2] ; Martinez, Leandro
Número total de Autores: 2
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Estadual Campinas, Inst Chem, Campinas, SP - Brazil
[2] Univ Estadual Campinas, Ctr Computat Engn & Sci, Campinas, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 2
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Bioinformatics; v. 34, n. 23, p. 4034-4038, DEC 1 2018.
Citações Web of Science: 0
Resumo

Motivation: The majority of the inter-residue distances in a protein structure are correlated given a fixed topology. Here, we investigate whether we are able to predict a structure's folding rate, which is known to depend on the complexity of its fold, while considering only a small, uncorrelated fraction of its contacts. Results: We define an expression for the probabilistic information content associated to the relative position of a pair of amino acid residues in a protein structure. By means of fitting the protein chain to a self-avoiding random walk model, we derive a probability distribution for the distance between residues as a function of their separation along the sequence. We then show that the average information content for all residue pairs in a structure, considered as an estimate of its fold's complexity, is well correlated to the logarithm of its folding rate. Moreover, the same information content measure may be exploited to rank contacts and identify redundancies, allowing the prediction the structure's folding rate with similar accuracy while taking into account less than 5% of its contacts. (AU)

Processo FAPESP: 13/05475-7 - Métodos computacionais de otimização
Beneficiário:Sandra Augusta Santos
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 10/16947-9 - Estrutura, dinâmica e função em proteínas: simulação computacional e desenvolvimento de algoritmos
Beneficiário:Leandro Martinez
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais
Beneficiário:Munir Salomao Skaf
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs