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Estrutura, dinâmica e função em proteínas: simulação computacional e desenvolvimento de algoritmos

Processo: 10/16947-9
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de dezembro de 2010 - 30 de novembro de 2012
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Leandro Martinez
Beneficiário:Leandro Martinez
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Simulação de dinâmica molecular  Proteínas 

Resumo

O número de estruturas proteicas determinadas experimentalmente, seja por cristalografia ou por ressonância magnética nuclear, tem crescido exponencialmente. Estas estruturas fornecem bases moleculares para a compreensão de mecanismos biofísicos, e assim têm importância fundamental na biologia e biofísica modernas. No entanto, são conformações médias em torno das estruturas mais estáveis nas condições experimentais. Em uma grande parte dos sistemas, estruturas médias ou de energia mínima não são suficientes para a elucidação de mecanismos. Muitas vezes, nem mesmo aspectos estruturais são plenamente compreendidos, pois as interações em nível molecular têm uma complexidade e riqueza insuspeitadas. As relações entre estrutura, dinâmica e função de proteínas são o cerne deste projeto de trabalho. O objetivo é identificar, em sistemas de interesse biológico, problemas nos quais os dados experimentais são insuficientes para uma compreensão funcional. Metodologias computacionais serão usadas, e desenvolvidas, para a abordagem de problemas específicos, sendo Simulações de Dinâmica Molecular uma das componentes metodológicas essenciais. Entre as metodologias já em desenvolvimento destacam-se a amostragem de trajetórias fora do equilíbrio visando o tratamento mecânico-estatístico de eventos raros em sistemas biomoleculares e a identificação funcional por mecanismos de redistribuição de energia vibracional. Os sistemas de interesse imediato são: Receptores Nucleares Hormonais, Mutações de Hemoglobina Humana, Toxinas de Antraz e Estabilidade de Proteínas em Solventes Supercríticos e Enzimas associadas à degradação de celulose. O objetivo deste projeto é dar subsídios materiais para o estabelecimento de um grupo de pesquisa em modelagem computacional de proteínas no Instituto de Física de São Carlos da USP, instituição de grande tradição tradição em estudos experimentais biofísicos e estruturais de proteínas diversas. (AU)

Publicações científicas (22)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SIQUEIRA, TAYANE HONORATO; MARTINEZ, LEANDRO. Molecular simulations of fluconazole-mediated inhibition of sterol biosynthesis. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, MAY 2019. Citações Web of Science: 0.
DE OLIVEIRA, IVAN PIRES; LESCANO, CAROLINE HONAISER; DE NUCCI, GILBERTO. Q817G mutation in phosphodiesterase type 5: Conformational analysis and dissociation profile of the inhibitor Tadalafil. CHEMICAL BIOLOGY & DRUG DESIGN, v. 93, n. 4, p. 419-429, APR 2019. Citações Web of Science: 1.
CENSONI, LUCIANO; MARTINEZ, LEANDRO. Prediction of kinetics of protein folding with non-redundant contact information. Bioinformatics, v. 34, n. 23, p. 4034-4038, DEC 1 2018. Citações Web of Science: 0.
LOPEZ, ALVARO J.; MARTINEZ, LEANDRO. Parametric models to compute tryptophan fluorescence wavelengths from classical protein simulations. Journal of Computational Chemistry, v. 39, n. 19, p. 1249-1258, JUL 15 2018. Citações Web of Science: 1.
DOS SANTOS, RICARDO N.; FERRARI, ALLAN J. R.; DE JESUS, HUGO C. R.; GOZZO, FABIO C.; MORCOS, FARUCK; MARTINEZ, LEANDRO. Enhancing protein fold determination by exploring the complementary information of chemical cross-linking and coevolutionary signals. Bioinformatics, v. 34, n. 13, p. 2201-2208, JUL 1 2018. Citações Web of Science: 2.
LEANDRO MARTÍNEZ. MEASURING THE CONDUCTIVITY OF VERY DILUTE ELECTROLYTE SOLUTIONS, DROP BY DROP. Química Nova, v. 41, n. 7, p. -, Jul. 2018.
MARTINEZ, LEANDRO. MEASURING THE CONDUCTIVITY OF VERY DILUTE ELECTROLYTE SOLUTIONS, DROP BY DROP. Química Nova, v. 41, n. 7, p. 814-817, JUL 2018. Citações Web of Science: 2.
DE OLIVEIRA, IVAN PIRES; JARA, GABRIEL ERNESTO; MARTINEZ, LEANDRO. Molecular mechanism of activation of Burkholderia cepacia lipase at aqueous-organic interfaces. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 19, n. 46, p. 31499-31507, DEC 14 2017. Citações Web of Science: 2.
MARTINEZ, LEANDRO; SHIMIZU, SEISHI. Molecular Interpretation of Preferential Interactions in Protein Solvation: A Solvent-Shell Perspective by Means of Minimum-Distance Distribution Functions. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 13, n. 12, p. 6358-6372, DEC 2017. Citações Web of Science: 6.
CENSONI, LUCIANO; MUNIZ, HELOISA DOS SANTOS; MARTINEZ, LEANDRO. A network model predicts the intensity of residue-protein thermal coupling. Bioinformatics, v. 33, n. 14, p. 2106-2113, JUL 15 2017. Citações Web of Science: 0.
LESCANO, CAROLINE HONAISER; DE OLIVEIRA, IVAN PIRES; ZAMINELLI, TIAGO; BALDIVIA, DEBORA DA SILVA; DA SILVA, LUAN RAMOS; NAPOLITANO, MAURO; MENDES SILVERIO, CAMILA BITENCOURT; LINCOPAN, NILTON; SANJINEZ-ARGANDONA, ELIANA JANET. Campomanesia adamantium Peel Extract in Antidiarrheal Activity: The Ability of Inhibition of Heat-Stable Enterotoxin by Polyphenols. PLoS One, v. 11, n. 10 OCT 20 2016. Citações Web of Science: 7.
OLIVEIRA, IVAN P.; MARTINEZ, LEANDRO. Molecular basis for competitive solvation of the Burkholderia cepacia lipase by sorbitol and urea. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 18, n. 31, p. 21797-21808, AUG 31 2016. Citações Web of Science: 5.
JARA, GABRIEL E.; MARTINEZ, LEANDRO. Anthrax Edema Factor: An Ion-Adaptive Mechanism of Catalysis with Increased Transition-State Conformational Flexibility. Journal of Physical Chemistry B, v. 120, n. 27, p. 6504-6514, JUL 14 2016. Citações Web of Science: 1.
MINO-GALAZ, GERMAN A. Allosteric Communication Pathways and Thermal Rectification in PDZ-2 Protein: A Computational Study. Journal of Physical Chemistry B, v. 119, n. 20, p. 6179-6189, MAY 21 2015. Citações Web of Science: 20.
MARTINEZ, LEANDRO. Introducing the Levinthal's Protein Folding Paradox and Its Solution. Journal of Chemical Education, v. 91, n. 11, p. 1918-1923, NOV 2014. Citações Web of Science: 4.
SEGATO, FERNANDO; BERTO, GABRIELA L.; DE ARAUJO, EVANDRO ARES; MUNIZ, JOAO RENATO; POLIKARPOV, IGOR. Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of Aspergillus terreus endo-beta-1,4-glucanase from glycoside hydrolase family 12. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 70, n. 2, p. 267-270, FEB 2014. Citações Web of Science: 4.
BATISTA, MARIANA R. B.; MARTINEZ, LEANDRO. Dynamics of Nuclear Receptor Helix-12 Switch of Transcription Activation by Modeling Time-Resolved Fluorescence Anisotropy Decays. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 105, n. 7, p. 1670-1680, OCT 1 2013. Citações Web of Science: 23.
LIMA, LEONARDO H. F.; SERPA, VIVIANE I.; ROSSETO, FLAVIO R.; SARTORI, GERALDO RODRIGUES; DE OLIVEIRA NETO, MARIO; MARTINEZ, LEANDRO; POLIKARPOV, IGOR. Small-angle X-ray scattering and structural modeling of full-length: cellobiohydrolase I from Trichoderma harzianum. Cellulose, v. 20, n. 4, p. 1573-1585, AUG 2013. Citações Web of Science: 7.
BIRGIN, ERNESTO G.; MARTINEZ, J. M.; MARTINEZ, LEANDRO; ROCHA, GERD B. Sparse Projected-Gradient Method As a Linear-Scaling Low-Memory Alternative to Diagonalization in Self-Consistent Field Electronic Structure Calculations. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 9, n. 2, p. 1043-1051, FEB 2013. Citações Web of Science: 10.
SILVEIRA, RODRIGO L.; MARTINEZ, JULIAN; SKAF, MUNIR S.; MARTINEZ, LEANDRO. Enzyme Microheterogeneous Hydration and Stabilization in Supercritical Carbon Dioxide. Journal of Physical Chemistry B, v. 116, n. 19, p. 5671-5678, MAY 17 2012. Citações Web of Science: 26.
BLEICHER, LUCAS; PRATES, ERICA T.; GOMES, THIAGO C. F.; SILVEIRA, RODRIGO L.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; ROJAS, ADRIANA L.; GOLUBEV, ALEXANDER; MARTINEZ, LEANDRO; SKAF, MUNIR S.; POLIKARPOV, IGOR. Molecular Basis of the Thermostability and Thermophilicity of Laminarinases: X-ray Structure of the Hyperthermostable Laminarinase from Rhodothermus marinus and Molecular Dynamics Simulations. Journal of Physical Chemistry B, v. 115, n. 24, p. 7940-7949, JUN 23 2011. Citações Web of Science: 18.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

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