TopoLink: evaluation of structural models using chemical crosslinking distance constraints

Autor(es)

Ferrari, Allan J. R. ^[1] ; Clasen, Milan A. ^[2] ; Kurt, Louise ^[2] ; Carvalho, Paulo C. ^[2] ; Gozzo, Fabio C. ^[1] ; Martinez, Leandro ^{[1, 3]}

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Estadual Campinas, Inst Chem, Campinas, SP - Brazil

^[2] Fiocruz MS, Carlos Chagas Inst, Rio De Janeiro, RJ - Brazil

^[3] Univ Estadual Campinas, Ctr Comp Engn & Sci, Campinas, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Bioinformatics; v. 35, n. 17, p. 3169-3170, SEP 1 2019.
• Citações Web of Science: 4

Resumo

The Summary: A software was developed to evaluate structural models using chemical crosslinking experiments. The user provides the types of linkers used and their reactivity, and the observed crosslinks and dead-ends. The software computes the minimum length of a physically inspired linker that connects the reactive atoms of interest, and reports the consistency of each distance with the experimental observation. Statistics on model consistency with the links are provided. Tools to evaluate the correlation of crosslinks in ensembles of models were developed. TopoLink was used to evaluate the potential crosslinks of all structures of the CATH database. The number of crosslinks expected as a function of protein size and linker length can be used as guide for experimental design. (AU)

• Processo FAPESP: 13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais
• Beneficiário: Munir Salomao Skaf
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
• Processo FAPESP: 13/05475-7 - Métodos computacionais de otimização
• Beneficiário: Sandra Augusta Santos
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 18/14274-9 - Determinação de estruturas de proteínas usando restrições de distância obtidas de experimentos de ligação cruzada: métodos computacionais e aplicações
• Beneficiário: Leandro Martinez
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 16/13195-2 - Modelagem da estrutura de proteínas e de complexos protéicos usando dados de espectrometria de massas
• Beneficiário: Allan Jhonathan Ramos Ferrari
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 10/16947-9 - Estrutura, dinâmica e função em proteínas: simulação computacional e desenvolvimento de algoritmos
• Beneficiário: Leandro Martinez
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular