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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

TopoLink: evaluation of structural models using chemical crosslinking distance constraints

Texto completo
Autor(es):
Ferrari, Allan J. R. [1] ; Clasen, Milan A. [2] ; Kurt, Louise [2] ; Carvalho, Paulo C. [2] ; Gozzo, Fabio C. [1] ; Martinez, Leandro [1, 3]
Número total de Autores: 6
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Estadual Campinas, Inst Chem, Campinas, SP - Brazil
[2] Fiocruz MS, Carlos Chagas Inst, Rio De Janeiro, RJ - Brazil
[3] Univ Estadual Campinas, Ctr Comp Engn & Sci, Campinas, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 3
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Bioinformatics; v. 35, n. 17, p. 3169-3170, SEP 1 2019.
Citações Web of Science: 4
Resumo

The Summary: A software was developed to evaluate structural models using chemical crosslinking experiments. The user provides the types of linkers used and their reactivity, and the observed crosslinks and dead-ends. The software computes the minimum length of a physically inspired linker that connects the reactive atoms of interest, and reports the consistency of each distance with the experimental observation. Statistics on model consistency with the links are provided. Tools to evaluate the correlation of crosslinks in ensembles of models were developed. TopoLink was used to evaluate the potential crosslinks of all structures of the CATH database. The number of crosslinks expected as a function of protein size and linker length can be used as guide for experimental design. (AU)

Processo FAPESP: 13/05475-7 - Métodos computacionais de otimização
Beneficiário:Sandra Augusta Santos
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 16/13195-2 - Modelagem da estrutura de proteínas e de complexos protéicos usando dados de espectrometria de massas
Beneficiário:Allan Jhonathan Ramos Ferrari
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais
Beneficiário:Munir Salomao Skaf
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
Processo FAPESP: 10/16947-9 - Estrutura, dinâmica e função em proteínas: simulação computacional e desenvolvimento de algoritmos
Beneficiário:Leandro Martinez
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 18/14274-9 - Determinação de estruturas de proteínas usando restrições de distância obtidas de experimentos de ligação cruzada: métodos computacionais e aplicações
Beneficiário:Leandro Martinez
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular