Whole-genome sequencing provides new insights into genetic mechanisms of tropical adaptation in Nellore (Bos primigenius indicus)

Autor(es)

Fernandes Junior, Gerardo Alves ^[1] ; de Oliveira, Henrique Nunes ^[1] ; Carvalheiro, Roberto ^[1] ; Cardoso, Diercles Francisco ^[1] ; Fonseca, Larissa Fernanda Simielli ^[1] ; Ventura, Ricardo Vieira ^[2] ; de Albuquerque, Lucia Galvao ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Sao Paulo State Univ UNESP, Sch Agr & Vet Sci, BR-14884900 Jaboticabal, SP - Brazil

^[2] Univ Sao Paulo, Sch Vet Med & Anim Sci, BR-13635900 Pirassununga, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: SCIENTIFIC REPORTS; v. 10, n. 1 JUN 10 2020.
• Citações Web of Science: 2

Resumo

Most of the knowledge about genetic variants at the sequence level in cattle is for Bos primigenius taurus populations. Here, we presented a complete genomic characterization of 52 Nellore (Bos primigenius indicus) bulls, revealing specific zebu DNA variants with putative impact in tropical adaptation and productive traits. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertion/deletion (INDELs) mutations were identified using the newest bovine reference genome ARS\_UCD1.2, and variant functional consequences were predicted using the Ensembl VEP software. A total of 35,753,707 SNPs and 4,492,636 INDELs were detected and annotated to their functional effects. We identified 400 genes that comprised both, a SNP and an INDEL, of high functional impact on proteins (i.e. variants that cause protein truncation, loss of function or triggering nonsense-mediated decay). Among these, we highlight the following genes: BoLA, associated with cattle immune response to infections and reproduction aspects; HSPA8, DNAJC27, and DNAJC28, involved with thermoregulatory protective mechanisms in mammals; and many olfactory signaling pathway related genes that are important genetic factors in the evolution of mammalian species. All these functional aspects are directly related to cattle adaptability to tropical environments. (AU)

• Processo FAPESP: 09/16118-5 - Ferramentas genômicas no melhoramento genético de características de importância econômica direta em bovinos da raça Nelore
• Beneficiário: Lucia Galvão de Albuquerque
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 19/12434-1 - Acurácia de imputação para a sequência completa em bovinos da raça Nelore
• Beneficiário: Gerardo Alves Fernandes Júnior
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 18/10109-3 - Identificação e análise de variantes genéticas obtidas a partir do sequenciamento do genoma de touros da raça Nelore
• Beneficiário: Gerardo Alves Fernandes Júnior
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 18/20026-8 - EMU concedido no processo 2017/10630-2: servidor
• Beneficiário: Lucia Galvão de Albuquerque
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Processo FAPESP: 17/10630-2 - Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore
• Beneficiário: Lucia Galvão de Albuquerque
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático