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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Relax, Keep Walking - A Practical Guide to Continuous Phylogeographic Inference with BEAST

Texto completo
Autor(es):
Dellicour, Simon [1, 2] ; Gill, Mandev S. [1] ; Faria, Nuno R. [3, 4, 5] ; Rambaut, Andrew [6] ; Pybus, Oliver G. [3] ; Suchard, Marc A. [7, 8, 9] ; Lemey, Philippe [1]
Número total de Autores: 7
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Katholieke Univ Leuven, Dept Microbiol Immunol & Transplantat, Rega Inst, Leuven - Belgium
[2] Univ Libre Bruxelles, Spatial Epidemiol Lab SpELL, Brussels - Belgium
[3] Univ Oxford, Dept Zool, Oxford - England
[4] Univ Sao Paulo, Inst Med Trop, Fac Med, Sao Paulo - Brazil
[5] Imperial Coll London, MRC Ctr Global Infect Dis Anal, J IDEA, London - England
[6] Univ Edinburgh, Inst Evolutionary Biol, Edinburgh, Midlothian - Scotland
[7] Univ Calif Los Angeles, David Geffen Sch Med, Dept Human Genet, Los Angeles, CA 90095 - USA
[8] Univ Calif Los Angeles, David Geffen Sch Med, Dept Biomath, Los Angeles, CA 90095 - USA
[9] Univ Calif Los Angeles, Fielding Sch Publ Hlth, Dept Biostat, Los Angeles, CA - USA
Número total de Afiliações: 9
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Molecular Biology and Evolution; v. 38, n. 8, p. 3486-3493, AUG 2021.
Citações Web of Science: 0
Resumo

Spatially explicit phylogeographic analyses can be performed with an inference framework that employs relaxed random walks to reconstruct phylogenetic dispersal histories in continuous space. This core model was first implemented 10 years ago and has opened up new opportunities in the field of phylodynamics, allowing researchers to map and analyze the spatial dissemination of rapidly evolving pathogens. We here provide a detailed and step-by-step guide on how to set up, run, and interpret continuous phylogeographic analyses using the programs BEAUti, BEAST, Tracer, and TreeAnnotator. (AU)

Processo FAPESP: 18/14389-0 - Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (CADDE)
Beneficiário:Ester Cerdeira Sabino
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático