Trends in biological data integration for the selection of enzymes and transcription factors related to cellulose and hemicellulose degradation in fungi

Autor(es)

Ferreira Filho, Jaire A. ^[1] ; Rosolen, Rafaela R. ^[1] ; Almeida, Deborah A. ^[1] ; de Azevedo, Paulo Henrique C. ^[1] ; Motta, Maria Lorenza L. ^[1] ; Aono, Alexandre H. ^[1] ; dos Santos, Clelton A. ^{[1, 2]} ; Horta, Maria Augusta C. ^{[1, 3]} ; de Souza, Anete P. ^{[1, 4]}

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Campinas UNICAMP, Ctr Mol Biol & Genet Engn CBMEG, Campinas, SP - Brazil

^[2] Brazilian Ctr Res Energy & Mat CNPEM, Brazilian Biorenewables Natl Lab LNBR, Campinas, SP - Brazil

^[3] Univ Sao Paulo, Fac Pharmaceut Sci Ribeirao Preto, Ribeirao Preto, SP - Brazil

^[4] Univ Estadual Campinas, UNICAMP, Inst Biol, Dept Plant Biol, BR-13083875 Campinas, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo de Revisão
• Fonte: 3 BIOTECH; v. 11, n. 11 NOV 2021.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

Fungi are key players in biotechnological applications. Although several studies focusing on fungal diversity and genetics have been performed, many details of fungal biology remain unknown, including how cellulolytic enzymes are modulated within these organisms to allow changes in main plant cell wall compounds, cellulose and hemicellulose, and subsequent biomass conversion. With the advent and consolidation of DNA/RNA sequencing technology, different types of information can be generated at the genomic, structural and functional levels, including the gene expression profiles and regulatory mechanisms of these organisms, during degradation-induced conditions. This increase in data generation made rapid computational development necessary to deal with the large amounts of data generated. In this context, the origination of bioinformatics, a hybrid science integrating biological data with various techniques for information storage, distribution and analysis, was a fundamental step toward the current state-of-the-art in the postgenomic era. The possibility of integrating biological big data has facilitated exciting discoveries, including identifying novel mechanisms and more efficient enzymes, increasing yields, reducing costs and expanding opportunities in the bioprocess field. In this review, we summarize the current status and trends of the integration of different types of biological data through bioinformatics approaches for biological data analysis and enzyme selection. (AU)

• Processo FAPESP: 15/09202-0 - Estudo de regiões genômicas de Trichoderma harzianum associadas ao controle da expressão de enzimas envolvidas na degradação de biomassa
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 19/03232-6 - Seleção genômica ampla em cana-de-açúcar via aprendizado de máquina e redes complexas para caracteres de importância econômica
• Beneficiário: Alexandre Hild Aono
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 20/13420-1 - Avaliação da influência da luz na expressão de enzimas hidrolíticas para a bioprospecção de fungos do gênero Trichoderma com potencial hidrolítico
• Beneficiário: Rafaela Rossi Rosolen
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 18/19660-4 - Elucidação de mecanismos genéticos envolvidos na hidrólise de biomassa vegetal por meio de genômica funcional
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 20/10536-9 - Organização e integração de dados de larga escala para estudo das dinâmicas de expressão de MAP quinases do fungo Aspergillus fumigatus em diversas condições genéticas e ambientais
• Beneficiário: Maria Augusta Crivelente Horta
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico