First genome sequence of an isolate of hibiscus chlorotic ringspot virus from the Western hemisphere

Autor(es)

Ramos-Gonzalez, Pedro Luis ; da Costa-Rodrigues, Mariane ; Potsclam-Barro, Matheus ; Chabi-Jesus, Camila ; Banguela-Castillo, Alexander ; Harakava, Ricardo ; Kitajima, Elliot W. ; Freitas-Astua, Juliana

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: ROPICAL PLANT PATHOLOG; v. 45, n. 2, p. 6-pg., 2020-02-05.

Resumo

For the first time, the near-complete genome sequence of the betacarmovirus, hibiscus chlorotic ringspot virus (HCRSV) isolated from the Americas is disclosed. High throughput sequencing of the total RNA extract from a Hibiscus-rosa sinensis (L.) plant collected in Sao Paulo state, Brazil, revealed the genome sequence of HCRSV isolate SBO1, which is 3945 nucleotides long and shows 93.1% nucleotide sequence identity with HCRSV_Singapore (X86448), considered the type member of the species. These two viruses display a similar genomic organization and potentially encode seven open reading frames (ORFs). In addition, a phylogenetic analysis based on a fragment with 557 nts of p38, the coat protein gene, from a cohort of 14 samples collected in Brazil revealed a no clearly defined segregation of South American isolates from those previously detected in geographical areas outside this continent. The practical consequences of the use of p38 ORF-derived amplicons for detection and variability studies of HCRSV are concisely discussed. (AU)

• Processo FAPESP: 17/50334-3 - Plano de Desenvolvimento Institucional em Pesquisa (PDIp): modernização e adequação de unidades multiusuárias estratégicas do Instituto Biológico
• Beneficiário: Ana Eugênia de Carvalho Campos
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Modernização de Institutos Estaduais de Pesquisa
• Processo FAPESP: 14/08458-9 - Vírus de plantas transmitidos por Brevipalpus (Acari: Tenuipalpidae) - VTB: levantamento, identificação, caracterização molecular, filogenia; relações vírus/vetor/hospedeira; biologia, taxonomia e manejo do vetor
• Beneficiário: Elliot Watanabe Kitajima
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 17/50222-0 - Compreensão sobre a biologia molecular e ecologia da relações planta-vírus-vetor: rumo a estratégias sustentáveis e integradas de manejo de vírus
• Beneficiário: Juliana de Freitas Astúa
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 16/01960-6 - Caracterização molecular, filogenia e evolução de vírus transmitidos por ácaros Brevipalpus spp. no Brasil
• Beneficiário: Camila Chabi de Jesus
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 19/09222-2 - Levantamento e detecção de vírus transmitidos por ácaros Brevipalpus em Hibiscus spp. no Brasil
• Beneficiário: Mariane da Costa Rodrigues
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica