| Texto completo | |
| Autor(es): |
Alexandrino, Alexsandro Oliveira
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Lintzmayer, Carla Negri
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Dias, Zanoni
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Jansson, J
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MartinVide, C
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VegaRodriguez, MA
Número total de Autores: 6
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| Tipo de documento: | Artigo Científico |
| Fonte: | ALGORITHMS FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY (ALCOB 2018); v. 10849, p. 12-pg., 2018-01-01. |
| Resumo | |
Rearrangements are mutations that affect large portions of a genome. When comparing two genomes, one wants to find a sequence of rearrangements that transforms one into another. When we use permutations to represent the genomes, this reduces to the problem of sorting a permutation using some sequence of rearrangements. The traditional approach is to find a sequence of minimum length. However, some studies show that some rearrangements are more likely to disturb an individual, and so a weighted approach is closer to the real evolutionary process. Most weighted approaches consider that the cost of a rearrangement can be related to its type or to the number of elements affected by it. This work introduces a new type of cost function, which is related to the amount of fragmentation caused by a rearrangement. We present some results about lower and upper bounds for the fragmentation-weighted problems and the relation between the unweighted and the fragmentation-weighted approach. Our main results are 2-approximation algorithms for 5 versions of the fragmentation-weighted problem involving reversals and transpositions events. (AU) | |
| Processo FAPESP: | 17/12646-3 - Déjà vu: coerência temporal, espacial e de caracterização de dados heterogêneos para análise e interpretação de integridade |
| Beneficiário: | Anderson de Rezende Rocha |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Temático |
| Processo FAPESP: | 16/14132-4 - Empacotamentos uni e bidimensionais com restrições de conflitos e remoções |
| Beneficiário: | Carla Negri Lintzmayer |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Processo FAPESP: | 15/11937-9 - Investigação de problemas difíceis do ponto de vista algorítmico e estrutural |
| Beneficiário: | Flávio Keidi Miyazawa |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Temático |
| Processo FAPESP: | 13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais |
| Beneficiário: | Munir Salomao Skaf |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs |
| Processo FAPESP: | 17/16871-1 - Problemas de ordenação de permutações por operações ponderadas pelo número de fragmentações |
| Beneficiário: | Alexsandro Oliveira Alexandrino |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Mestrado |