Machine learning determines stemness associated with simple and basal-like canine mammary carcinomas

Autor(es)

Xavier, Pedro L. P. ; Marcao, Maycon ; Simoes, Renan L. S. ; Job, Maria Eduarda G. ; Strefezzi, Ricardo de Francisco ; Fukumasu, Heidge ; Malta, Tathiane M.

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: HELIYON; v. 10, n. 5, p. 12-pg., 2024-02-28.

Resumo

Simple and complex carcinomas are the most common type of malignant Canine Mammary Tumors (CMTs), with simple carcinomas exhibiting aggressive behavior and poorer prognostic. Stemness is an ability associated with cancer initiation, malignancy, and therapeutic resistance, but is still few elucidated in canine mammary tumor subtypes. Here, we first validated, using CMT samples, a previously published canine one-class logistic regression machine learning algorithm (OCLR) to predict stemness (mRNAsi) in canine cancer cells. Then, using the canine mRNAsi, we observed that simple carcinomas exhibit higher stemness than complex carcinomas and other histological subtypes. Also, we confirmed that stemness is higher and associated with basal-like CMTs and with NMF2 metagene signature, a tumor-specific DNA-repair metagene signature. Using correlation analysis, we selected the top 50 genes correlated with higher stemness, and the top 50 genes correlated with lower stemness and further performed a gene set enrichment analysis to observe the biological processes enriched for these genes. Finally, we suggested two promise stemness-associated targets in CMTs, POLA2 and APEX1, especially in simple carcinomas. Thus, our work elucidates stemness as a potential mechanism behind the aggressiveness and development of canine mammary tumors, especially in simple carcinomas, describing evidence of a promising strategy to target this disease. (AU)

• Processo FAPESP: 23/07358-0 - Estabelecimento e Caracterização de Esferóides 3D de Adenocarcinoma Ductal de Pâncreas em Placas de Baixa Aderência
• Beneficiário: Maria Eduarda Goes Job
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Processo FAPESP: 18/00583-0 - Análise epigenômica integrativa de gliomas: definindo regiões regulatórias associadas ao stemness e ao fenótipo hipermetilador de tumores com mutações nos genes IDH1/2
• Beneficiário: Tathiane Maistro Malta Pereira
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 23/05099-7 - Identificando novos alvos terapêuticos em Adenocarcinoma Ductal de Pâncreas combinando modelos e abordagens relevantes
• Beneficiário: Pedro Luiz Porfirio Xavier
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Projeto Geração
• Processo FAPESP: 22/06305-7 - Identificando novos alvos terapêuticos em Adenocarcinoma Ductal de Pâncreas combinando modelos e abordagens relevantes
• Beneficiário: Pedro Luiz Porfirio Xavier
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Projeto Geração
• Processo FAPESP: 19/14928-1 - Análise epigenômica integrativa de gliomas - definindo regiões regulatórias associadas ao "stemness" e ao fenótipo hipermetilador de tumores com mutações nos genes IDH1/2
• Beneficiário: Tathiane Maistro Malta Pereira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 22/09378-5 - Desenvolvimento de terapias e ferramentas inovadoras para oncologia veterinária
• Beneficiário: Heidge Fukumasu
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 21/00283-9 - Mapeamento de assinaturas epigenômicas de células-tronco tumorais em gliomas: correlacionando células-tronco de gliomas com dados clínicos e moleculares
• Beneficiário: Maycon Marção
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado