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Combinando tecnologias genômicas (SNP chips e sequenciamento de última geração) para mapear variantes genéticas desvantajosas em bovinos da raça Nelore

Processo: 16/05787-7
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de junho de 2017
Data de Término da vigência: 31 de maio de 2019
Área de conhecimento:Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Reprodução Animal
Pesquisador responsável:José Fernando Garcia
Beneficiário:Marco Milanesi
Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária (FMVA). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araçatuba. Araçatuba , SP, Brasil
Assunto(s):Genômica   Genética animal   Análise de sequência de DNA   Polimorfismo de um único nucleotídeo   Gado Nelore
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Genetica animal | Nellore | Genômica e bioinformática

Resumo

Todas as espécies animais carregam uma carga genética de variantes alélicas desvantajosas. Variantes letais sao encontradas apenas em estado heterozigoto, ao passo que variantes não-letais desvantajosas podem ser encontradas em estado homozigoto e via de regra reduzem a adaptação de indivíduos portadores. Estas mutações tendem a diminuir sua frequência na população devido a seleção negativa, e eventualmente desaparecer. Entretanto, elas podem ser mantidas artificialmente em populações de animais de produção ou até mesmo aumentar de frequência quando em ligação com alelos favoráveis ou carreadas por reprodutores importantes. A presente proposta objetiva a detecção de variantes desvantajosas em bovinos da raça Nelore, a raça de corte de maior importância econômica no Brasil. Problemas de fertilidade ou problemas associados a endogamia não são comumente relatados em Nelore, embora exista chance real de tais problemas aumentarem sua frequência no futuro devido a alta intensidade do uso da seleção artificial. O objetivo geral desta proposta de pesquisa e de gerar conhecimento para antecipar possíveis problemas causados por variantes desvantajosas através da implementação de ações de seleção para evitar a disseminação de tais variantes. Dados de marcadores SNP em painéis de alta densidade serão utilizados para identificar haplotipos com perda de homozigose. A caracterização destes haplotipos sera realizada utilizando informação pública (i.e., resultados de pesquisas previas, função gênica, associação com doenças) e bancos de dados contendo variantes causais candidatas que será criado utilizando dados de sequência completa de vinte e quatro touros Nelore com grande número de progênies no rebanho nacional. (AU)

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Publicações científicas (11)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PALOMBO, V; MILANESI, M.; SGORLON, S.; CAPOMACCIO, S.; MELE, M.; NICOLAZZI, E.; AJMONE-MARSAN, P.; PILLA, F.; STEFANON, B.; D'ANDREA, M.. Genome-wide association study of milk fatty acid composition in Italian Simmental and Italian Holstein cows using single nucleotide polymorphism arrays. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 101, n. 12, p. 11004-11019, . (16/05787-7)
TRIGO, BEATRIZ B.; UTSUNOMIYA, ADAM T. H.; FORTUNATO, ALVARO A. A. D.; MILANESI, MARCO; TORRECILHA, RAFAELA B. P.; LAMB, HARRISON; NGUYEN, LOAN; ROSS, ELIZABETH M.; HAYES, BEN; PADULA, ROMULO C. M.; et al. Variants at the ASIP locus contribute to coat color darkening in Nellore cattle. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 53, n. 1, . (10/52030-2, 16/05787-7)
BEATRIZ BATISTA TRIGO; FERNANDA MULLER DE OLIVEIRA-ROVAI; MARCO MILANESI; PIER KENJI RAUSCHKOLB KATSUDA ITO; YURI TANI UTSUNOMIYA; FLÁVIA LOMBARDI LOPES; SILVANA DE CÁSSIA PAULAN; CÁRIS MARONI NUNES. Avaliação in silico e in vitro de iniciadores para a diferenciação molecular de espécies de Leishmania. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, v. 30, n. 1, . (16/05787-7)
PALOMBO, VALENTINO; MILANESI, MARCO; SFERRA, GABRIELLA; CAPOMACCIO, STEFANO; SGORLON, SANDY; D'ANDREA, MARIASILVIA. PANEV: an R package for a pathway-based network visualization. BMC Bioinformatics, v. 21, n. 1, . (16/05787-7)
MESZAROS, GABOR; MILANESI, MARCO; AJMONE-MARSAN, PAOLO; UTSUNOMIYA, YURI TANI. Editorial: Haplotype Analysis Applied to Livestock Genomics. FRONTIERS IN GENETICS, v. 12, p. 2-pg., . (16/05787-7)
UTSUNOMIYA, YURI TANI; PINTOR TORRECILHA, RAFAELA BEATRIZ; MILANESI, MARCO; PAULAN, SILVANA DE CASSIA; HARTH UTSUNOMIYA, ADAM TAITI; GARCIA, JOSE FERNANDO. Hornless Nellore cattle (Bos indicus) carrying a novel 110 kbp duplication variant of the polled locus. ANIMAL GENETICS, v. 50, n. 2, p. 2-pg., . (16/05787-7, 10/52030-2, 17/08373-1)
TORRECILHA, R. B. P.; MILANESI, M.; GALLANA, M.; FALBO, A. -K.; REICHLER, I. M.; HUG, P.; JAGANNATHAN, V.; TRIGO, B. B.; PAULAN, S. C.; BRUNO, D. B.; et al. Association of missense variants in GDF9 with litter size in Entlebucher Mountain dogs. ANIMAL GENETICS, v. 51, n. 1, p. 78-86, . (17/08373-1, 16/05787-7)
COLLI, LICIA; MILANESI, MARCO; TALENTI, ANDREA; BERTOLINI, FRANCESCA; CHEN, MINHUI; CRISA, ALESSANDRA; DALY, KEVIN GERARD; DEL CORVO, MARCELLO; GULDBRANDTSEN, BERNT; LENSTRA, JOHANNES A.; et al. Genome-wide SNP profiling of worldwide goat populations reveals strong partitioning of diversity and highlights post-domestication migration routes. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 50, . (16/05787-7)
VAJANA, ELIA; BARBATO, MARIO; COLLI, LICIA; MILANESI, MARCO; ROCHAT, ESTELLE; FABRIZI, ENRICO; MUKASA, CHRISTOPHER; DEL CORVO, MARCELLO; MASEMBE, CHARLES; MUWANIKA, VINCENT B.; et al. Combining Landscape Genomics and Ecological Modelling to Investigate Local Adaptation of Indigenous Ugandan Cattle to East Coast Fever. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, . (16/05787-7)
COLLI, LICIA; MILANESI, MARCO; VAJANA, ELIA; IAMARTINO, DANIELA; BOMBA, LORENZO; PUGLISI, FRANCESCO; DEL CORVO, MARCELLO; NICOLAZZI, EZEQUIEL L.; AHMED, SAHAR S. E.; HERRERA, JESUS R. V.; et al. New Insights on Water Buffalo Genomic Diversity and Post-Domestication Migration Routes From Medium Density SNP Chip Data. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, . (16/05787-7)
AGUIAR, TAMIRIS SAYURI; PINTOR TORRECILHA, RAFAELA BEATRIZ; MILANESI, MARCO; HARTH UTSUNOMIYA, ADAM TAITI; TRIGO, BEATRIZ BATISTA; TIJJANI, ABDULFATAI; MUSA, HASSAN HUSSEIN; LOPES, FLAVIA LOMBARDI; AJMONE-MARSAN, PAOLO; CARVALHEIRO, ROBERTO; et al. Association of Copy Number Variation at Intron 3 of HMGA2 With Navel Length in Bos indicus. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, . (14/01095-8, 16/07531-0, 16/05787-7, 10/52030-2, 17/08373-1)