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EMU concedido no processo 2017/10630-2: servidor

Processo:18/20026-8
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2018
Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2025
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Lucia Galvão de Albuquerque
Beneficiário:Lucia Galvão de Albuquerque
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Município da Instituição Sede:Jaboticabal
Vinculado ao auxílio:17/10630-2 - Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore, AP.TEM
Assunto(s):Biologia computacional  Análise de sequência de DNA  Eficiência alimentar  Qualidade da carne  Equipamentos multiusuários 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | Dados de sequenciamento | Bioinformática
As informações de acesso ao Equipamento Multiusuário são de responsabilidade do Pesquisador responsável
Página web do EMU:http://www.fcav.unesp.br/#!/servicos/equipamentos-multiusuarios/servidor-multiusuario-para-analise-da-dados/
Tipo de equipamento:Infraestrutura - Tecnologia da Informação - Servidores
Fabricante: Intel
Modelo: 80 processadores

Resumo

EMU concedido no processo 2017/10630-2: Servidor. Resumo do projeto temático. De maneira geral, os rebanhos brasileiros precisam melhorar seus índices de eficiência e de qualidade do produto final que é a carne. Além disto, atualmente, existe uma preocupação mundial quanto ao aspecto da sustentabilidade da produção animal, o qual poderá ser melhorado por meio da seleção de animais que emitam menor quantidade de metano entérico para a atmosfera. Com a evolução das técnicas de sequenciamento completo do genoma e a diminuição do custo por animal, o sequenciamento tem sido proposto como alternativa aos chips de SNP, apresentando uma série de vantagens em relação aos mesmos. Assim, o presente projeto visa criar um banco de dados de emissão de metano entérico e utilizar um conjunto de informações de características de eficiência alimentar, qualidade de carne e carcaça bem como de reprodução, para realizar estudos genômicos com base em sequência completa do DNA, visando desenvolver tecnologias que permitam o melhor conhecimento biológico e o melhoramento da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de bovinos da raça Nelore. A princípio, serão desenvolvidos os seguintes tópicos no projeto: a) Estudo genético-quantitativo de características relacionadas à emissão de metano entérico e suas associações genéticas com características de eficiência alimentar; b) Estudo da acurácia de imputação para a sequência completa a partir de animais genotipados com chips comerciais com diferentes números de SNPs e utilizando diferentes métodos; c) Estudo da caracterização do genoma do Nelore utilizando dados de sequenciamento; d) Estudo de associação genômica ampla para características de importância econômica utilizando a sequência completa do genoma juntamente com o mapeamento fino de genes candidatos, visando à identificação das mutações causais e busca de mutações deletérias; e) Estudo de seleção genômica realizada com base em dados de sequenciamento para características relacionadas com a qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne; f) Análise de expressão gênica de características relacionadas com eficiência alimentar (transcriptoma). (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
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Publicações científicas (31)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MOTA, LUCIO F. M.; ARIKAWA, LEONARDO M.; SANTOS, SAMUEL W. B.; FERNANDES, GERARDO A.; ALVES, ANDERSON A. C.; ROSA, GUILHERME J. M.; MERCADANTE, MARIA E. Z.; CYRILLO, JOSLAINE N. S. G.; CARVALHEIRO, ROBERTO; ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Benchmarking machine learning and parametric methods for genomic prediction of feed efficiency-related traits in Nellore cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 14, n. 1, p. 14-pg., . (09/16118-5, 17/10630-2, 18/20026-8, 16/24228-9, 17/13411-0)
MARIN-GARZON, N. A.; MAGALHAES, A. F. B.; SCHMIDT, P. I.; SERNA, M.; FONSECA, L. F. S.; SALATTA, B. M.; FREZARIM, G. B.; FERNANDES-JUNIOR, G. A.; BRESOLIN, T.; CARVALHEIRO, R.; et al. Genome-wide scan reveals genomic regions and candidate genes underlying direct and maternal effects of preweaning calf mortality in Nellore cattle. Genomics, v. 113, n. 3, p. 1386-1395, . (17/10630-2, 18/20026-8)
FILHO, IVAN CARVALHO; ARIKAWA, LEONARDO M.; MOTA, LUCIO F. M.; CAMPOS, GABRIEL S.; FONSECA, LARISSA F. S.; FERNANDES, GERARDO A.; SCHENKEL, FLAVIO S.; LOURENCO, DANIELA; SILVA, DELVAN A.; TEIXEIRA, CAIO S.; et al. Genome-wide association study considering genotype-by-environment interaction for productive and reproductive traits using whole-genome sequencing in Nellore cattle. BMC Genomics, v. 25, n. 1, p. 16-pg., . (17/10630-2, 18/20026-8, 20/14846-2, 19/06361-1, 22/11852-7)
MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; DE OLIVEIRA, HINAYAH ROJAS; BALDI, FERNANDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; FERRO, JESUS APARECIDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Identification of novel mRNA isoforms associated with meat tenderness using RNA sequencing data in beef cattle. MEAT SCIENCE, v. 173, . (18/20026-8, 11/21241-0, 18/11154-2, 09/16118-5, 17/10630-2)
ALVES, ANDERSON ANTONIO CARVALHO; DA COSTA, REBEKA MAGALHAES; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; CARVALHEIRO, ROBERTO; VENTURA, RICARDO VIEIRA; ROSA, GUILHERME JORDAO DE MAGALHAES; ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. A Random Forest-Based Genome-Wide Scan Reveals Fertility-Related Candidate Genes and Potential Inter-Chromosomal Epistatic Regions Associated With Age at First Calving in Nellore Cattle. FRONTIERS IN GENETICS, v. 13, p. 18-pg., . (18/20026-8, 17/10630-2, 09/16118-5, 16/24227-2)
FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; PERIPOLLI, ELISA; SCHMIDT, PATRICIA IANA; CAMPOS, GABRIEL SOARES; MOTA, LUCIO FLAVIO MACEDO; MERCADANTE, MARIA EUGENIA ZERLOTTI; BALDI, FERNANDO; CARVALHEIRO, ROBERTO; DE ALNUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Current applications and perspectives of genomic selection in Bos indicus (Nellore) cattle. LIVESTOCK SCIENCE, v. 263, p. 15-pg., . (18/20026-8, 17/10630-2, 18/10109-3)
MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; BECKER SCALEZ, DAIANE CRISTINA; VEGA, AROA SUAREZ; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FERRO, JESUS APARECIDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; BALDI, FERNANDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Characterization of novel lncRNA muscle expression profiles associated with meat quality in beef cattle. EVOLUTIONARY APPLICATIONS, v. 15, n. 4, p. 13-pg., . (18/11154-2, 18/20026-8, 09/16118-5, 17/10630-2, 11/21241-0)
ALVES, A. A. C.; ESPIGOLAN, R.; BRESOLIN, T.; COSTA, R. M.; FERNANDES JUNIOR, G. A.; VENTURA, R. V.; CARVALHEIRO, R.; ALBUQUERQUE, L. G.. Genome-enabled prediction of reproductive traits in Nellore cattle using parametric models and machine learning methods. ANIMAL GENETICS, v. 52, n. 1, . (17/10630-2, 09/16118-5, 18/20026-8, 16/24227-2)
SERNA-GARCIA, MARTA; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; ROMERO, JOAQUIN JAVIER PANADERO; ASUNCION, JULIAN CARRETERO; SILVA, DANIELLY BERALDO DOS SANTOS; SALATTA, BRUNA MARIA; FREZARIM, GABRIELA BONFA; MERCADANTE, MARIA EUGENIA ZERLOTTI; BONILHA, SARAH FIGUEIREDO MARTINS; FERRO, JESUS APARECIDO; et al. Transcriptome Profiling of the Liver in Nellore Cattle Phenotypically Divergent for RFI in Two Genetic Groups. ANIMALS, v. 13, n. 3, p. 22-pg., . (18/20026-8, 09/16118-5, 17/10630-2)
SILVA, DANIELLY B. S.; FONSECA, LARISSA F. S.; PINHEIRO, DANIEL G.; MAGALHAES, ANA F. B.; MUNIZ, MARIA M. M.; FERRO, JESUS A.; BALDI, FERNANDO; CHARDULO, LUIS A. L.; SCHNABEL, ROBERT D.; TAYLOR, JEREMY F.; et al. Spliced genes in muscle from Nelore Cattle and their association with carcass and meat quality. SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, . (17/10630-2, 15/16850-9, 09/16118-5, 16/22894-1, 18/20026-8)
FILHO, IVAN CARVALHO; SILVA, DELVAN A.; TEIXEIRA, CAIO S.; SILVA, THALES L.; MOTA, LUCIO F. M.; ALBUQUERQUE, LUCIA G.; CARVALHEIRO, ROBERTO. Heteroscedastic Reaction Norm Models Improve the Assessment of Genotype by Environment Interaction for Growth, Reproductive, and Visual Score Traits in Nellore Cattle. ANIMALS, v. 12, n. 19, p. 24-pg., . (18/20026-8, 19/06361-1, 17/10630-2)
DOS SANTOS, THAIS CRISTINA FERREIRA; SILVA, EVANDRO NEVES; FREZARIM, GABRIELA BONFA; SALATTA, BRUNA MARIA; BALDI, FERNANDO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; MUNIZ, MARIA MALANE MAGALHAES; SILVA, DANIELLY BERALDO DOS SANTOS. Identification of cis-sQTL demonstrates genetic associations and functional implications of inflammatory processes in Nelore cattle muscle tissue. Mammalian Genome, v. N/A, p. 12-pg., . (18/20026-8, 17/10630-2)
DOS SANTOS, THAIS CRISTINA FERREIRA; SILVA, EVANDRO NEVES; FREZARIM, GABRIELA BONFA; SALATTA, BRUNA MARIA; BALDI, FERNANDO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; MUNIZ, MARIA MALANE MAGALHAES; SILVA, DANIELLY BERALDO DOS SANTOS. Cis-eQTL analysis reveals genes involved in biological processes of the immune system in Nelore cattle. Gene, v. 937, p. 9-pg., . (18/20026-8, 17/10630-2)
MUNIZ, MALANE M.; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; CANOVAS, ANGELA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FERRO, JESUS APARECIDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; BALDI, FERNANDO; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Structural variants affecting mRNAs isoforms splice sites associated with marbling in Nellore cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 98, p. 2-pg., . (18/11154-2, 11/21241-0, 09/16118-5, 18/20026-8, 17/10630-2)
SCHETTINI, GUSTAVO PIMENTA; PERIPOLLI, ELISA; ALEXANDRE, PAMELA ALMEIDA; DOS SANTOS, WELLINGTON BIZARRIA; CRAVO PEREIRA, ANGELICA SIMONE; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; BALDI, FERNANDO; CURI, ROGERIO ABDALLAH. Transcriptome Profile Reveals Genetic and Metabolic Mechanisms Related to Essential Fatty Acid Content of Intramuscular Longissimus thoracis in Nellore Cattle. METABOLITES, v. 12, n. 5, p. 18-pg., . (18/20026-8, 17/10630-2)
RODRIGUES, GUSTAVO R. D.; CYRILLO, JOSLAINE N. S. G.; MOTA, LUCIO F. M.; SCHMIDT, PATRICIA I.; VALENTE, JULIA P. S.; OLIVEIRA, EDUARDA S.; ALBUQUERQUE, LUCIA G.; BRITO, LUIZ F.; MERCADANTE, MARIA E. Z.. Effect of genomic regions harboring putative lethal haplotypes on reproductive performance in closed experimental selection lines of Nellore cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 15, n. 1, p. 15-pg., . (18/20026-8, 24/01909-7, 24/05697-4, 21/09942-5, 17/10630-2, 23/11176-4, 22/11852-7, 17/50339-5)
MOTA, LUCIO F. M.; ARIKAWA, LEONARDO M.; NASNER, SINDY L. C.; SCHMIDT, PATRICIA I.; CARVALHEIRO, ROBERTO; OLIVEIRA, HENRIQUE N.; ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Evaluation of the productive and reproductive performance of sexual precocity at different ages in Nellore heifers. Theriogenology, v. 230, p. 9-pg., . (18/20026-8, 22/11852-7, 17/10630-2)
SOUZA, LUANA LELIS; DOMINGUEZ-CASTANO, PABLO; GIANVECCHIO, SARAH BERNARDES; SAKAMOTO, LEANDRO SANNOMIYA; RODRIGUES, GUSTAVO ROBERTO DIAS; SOARES, TAINARA LUANA DA SILVA; BONILHA, SARAH FIGUEIREDO MARTINS; MARCATTO, JULIANA DE OLIVEIRA SANTOS; ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; SILVA, JOSINEUDSON AUGUSTO I. I. VASCONCELOS; et al. Heritability estimates and genome-wide association study of methane emission traits in Nellore cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 102, p. 10-pg., . (17/10630-2, 18/20026-8, 23/11176-4, 17/50339-5, 18/17313-5, 19/11738-7)
MOTA, LUCIO F. M.; ARIKAWA, LEONARDO M.; VALENTE, JULIA P. S.; FONSECA, LARISSA F. S.; MERCADANTE, MARIA E. Z.; CYRILLO, JOSLAINE N. S. G.; OLIVEIRA, HENRIQUE N.; ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Variable selection strategies for genomic prediction of growth and carcass related traits in experimental Nellore cattle herds under different selection criteria. SCIENTIFIC REPORTS, v. 15, n. 1, p. 15-pg., . (17/50339-5, 09/16118-5, 18/20026-8, 17/10630-2, 06/58092-4, 22/11852-7)
FREZARIM, GABRIELA B.; FONSECA, LARISSA F. S.; SALATTA, BRUNA M.; SILVA, DANIELLY B. S.; BRESOLIN, TIAGO; SENO, LEONARDO DE OLIVEIRA; BARUFATTI, ALEXEIA; FERRO, JESUS APARECIDO; ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Genes and proteins associated with ribeye area and meat tenderness in a commercial Nellore cattle population. GENOME, v. 65, n. 4, p. 12-pg., . (18/20026-8, 17/10630-2, 16/23937-6)
SILVA, THALES DE LIMA; GONDRO, CEDRIC; FONSECA, PABLO AUGUSTO DE SOUZA; DA SILVA, DELVAN ALVES; VARGAS, GIOVANA; NEVES, HAROLDO HENRIQUE DE REZENDE; FILHO, IVAN CARVALHO; TEIXEIRA, CAIO DE SOUZA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; CARVALHEIRO, ROBERTO. Feet and legs malformation in Nellore cattle: genetic analysis and prioritization of GWAS results. FRONTIERS IN GENETICS, v. 14, p. 10-pg., . (18/20026-8, 17/10630-2)
ALVES, JACKELINE SANTOS; DIAZ, IARA DEL PILAR SOLAR; DA CRUZ, VALDECY APARECIDA ROCHA; BASTOS, MARISA SILVA; DE OLIVEIRA, LOUISE SARMENTO MARTINS; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; DE CAMARGO, GREGORIO MIGUEL FERREIRA; COSTA, RAPHAEL BERMAL. The effect of mitochondrial DNA polymorphisms on cattle reproduction. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 48, n. 1, . (18/20026-8, 17/10630-2, 09/16118-5)
FREZARIM, GABRIELA B.; MOTA, LUCIO F. M.; FONSECA, LARISSA F. S.; SALATTA, BRUNA M.; ARIKAWA, LEONARDO M.; SCHMIDT, PATRICIA I.; SILVA, DANIELLY B. S.; ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Multi-omics integration identifies molecular markers and biological pathways for carcass and meat quality traits in Nellore cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 15, n. 1, p. 19-pg., . (09/16118-5, 22/11852-7, 18/20026-8, 17/10630-2)
FERNANDES JUNIOR, G. A.; COSTILLA, R.; CARVALHEIRO, R.; HAYES, B.; ROSS, E. M.; OLIVEIRA, H. N.; ALBUQUERQUE, L. G.. Improving imputation accuracy across tropically adapted beef cattle: an application for Brahman and Nellore using whole-genome sequencing data. ANIMAL, v. 19, n. 9, p. 8-pg., . (18/20026-8, 19/12434-1, 17/10630-2, 09/16118-5, 18/10109-3)
SCHMIDT, PATRICIA IANA; MOTA, LUCIO FLAVIO MACEDO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FREZARIM, GABRIELA BONFA; ARIKAWA, LEONARDO MACHESTROPA; DE ABREU SANTOS, DANIEL JORDAN; MAGALHES, ANA FABRICIA BRAGA; COLE, JOHN BRUCE; CARVALHEIRO, ROBERTO; et al. Identification of candidate lethal haplotypes and genomic association with post-natal mortality and reproductive traits in Nellore cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 13, n. 1, p. 12-pg., . (09/16118-5, 17/10630-2, 18/20026-8, 18/17812-1, 19/10123-9, 21/09942-5)
MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; BRAGA MAGALHAES, ANA FABRICIA; FERRO, JESUS APARECIDO; LOYOLA CHARDULO, LUIZ ARTUR; BALDI, FERNANDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Small genetic variation affecting mRNA isoforms associated with marbling and meat color in beef cattle. FUNCTIONAL & INTEGRATIVE GENOMICS, v. N/A, p. 16-pg., . (09/16118-5, 17/10630-2, 18/11154-2, 11/21241-0, 18/20026-8)
MARIN-GARZON, NATALIA A.; MOTA, LUCIO F. M.; VARGAS, GIOVANA; ARIKAWA, LEONARDO M.; FONSECA, LARISSA F. S.; FERNANDES JUNIOR, GERARDO A.; CARVALHEIRO, ROBERTO; ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Detection and functional assessment of structural variants using whole-genome re-sequencing data in Nellore cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 15, n. 1, p. 24-pg., . (22/11852-7, 18/20026-8, 17/10630-2, 09/16118-5)
SALATTA, BRUNA MARIA; MUNIZ, MARIA MALANE MAGALHAES; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; MOTA, LUCIO FLAVIO MACEDO; DE SOUZA TEIXEIRA, CAIO; FREZARIM, GABRIELA BONFA; SERNA-GARCIA, MARTA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; PEREIRA, ANGELICA SIMONE CRAVO; BALDI, FERNANDO; et al. Skeletal muscle lncRNA profile associated with fatty acids in Nellore beef cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 15, n. 1, p. 22-pg., . (18/20026-8, 11/21241-0, 09/16118-5, 17/10630-2)
FERNANDES JUNIOR, GERARDO A.; CARVALHEIRO, ROBERTO; DE OLIVEIRA, HENRIQUE N.; SARGOLZAEI, MEHDI; COSTILLA, ROY; VENTURA, RICARDO V.; FONSECA, LARISSA F. S.; NEVES, HAROLDO H. R.; HAYES, BEN J.; DE ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Imputation accuracy to whole-genome sequence in Nellore cattle. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 53, n. 1, . (17/10630-2, 19/12434-1, 09/16118-5, 18/10109-3, 18/20026-8)
FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; DE OLIVEIRA, HENRIQUE NUNES; CARVALHEIRO, ROBERTO; CARDOSO, DIERCLES FRANCISCO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; VENTURA, RICARDO VIEIRA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Whole-genome sequencing provides new insights into genetic mechanisms of tropical adaptation in Nellore (Bos primigenius indicus). SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, . (09/16118-5, 19/12434-1, 18/10109-3, 18/20026-8, 17/10630-2)