Sequenciamento completo do genoma de citros associado a bactéria fitopatogênica e posterior avaliação da estrutura populacional em pomares cítricos

Resumo

O Huanglongbing (HLB) é a doença cítrica mais destrutiva em todo o mundo, está associada a espécies não cultivadas de Candidatus Liberibacter, e encontra-se espalhada em pomares cítricos pelo vetor psilídeo, Diaphorina citri, nas principais regiões citricultoras como Brasil, China e Ásia em geral, nos EUA e na América Central. Embora o HLB tenha sido descrito pela primeira vez no Brasil há quinze anos e Candidatus Liberibacter asiaticus (Las) seja a espécie predominante encontrada nas árvores hoje afetadas, o seu nível de incidência está aumentando e atualmente próximo de 19%, o que causa muitos danos. O HLB se espalhou de maneira desigual no estado de São Paulo. Las é assunto de intensa pesquisa relacionada à genômica. Las é uma ±-proteobactéria não cultivável associada ao HLB, e são descritos três tipos de profagos, Tipo 1, representado pelo profago SC1, Tipo 2, representado pelo profago SC2 e Tipo 3. Uma nova organização genômica na junção dos profagos SC2 e SC1 é prevalente encontrada no Brasil, indicando o rearranjo gênico e a ocorrência generalizada de um profago tipo 1, bem como a presença de um tipo de profago semelhante ao tipo 2 e com populações de Las homogêneas (Silva et al., 2019). Três amostras de laranjeira infectadas com Las mantidas em estufa no Fundecitrus (Araraquara / SP / Brasil) foram selecionadas para realizar o sequenciamento genômico completo de estirpes de Las do Brasil e com um passo adicional na seleção de genes alvos para estudos funcionais como alternativas para o controle do HLB. Todas as três amostras de estirpes de Las do Brasil serão submetidas ao Sequenciamento de Nova Geração (HiSeq) e à montagem do genoma. Particular ênfase será na caracterização dos profagos, no desenvolvimento de procedimentos de PCR e na identificação de novos alvos (genes) para estudos funcionais para o controle do HLB. O sequenciamento completo do genoma das estirpes brasileiras é de extrema importância, pois permitirá o conhecimento genômico, uma nova organização genômica na junção dos profagos SC2 e SC1 nas estirpes brasileiras. As características genéticas das estirpes de Las do Brasil serão melhor avaliadas com as informações genômicas geradas e contribuirão significativamente para o avanço da análise do genoma da Liberibacter no Brasil e da biologia do agente causal do HLB. Estes estudos genômicos também permitirão selecionar novos genes para estudos funcionais que serão aplicados para determinar o papel dos genes de Las na interação com seus hospedeiros, para aplicar estratégias biotecnológicas e a geração de plantas transgênicas, e assim obter alternativas para o controle do HLB.