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Análise temporal da expressão gênica

Processo: 19/23343-7
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2019
Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2023
Área de conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Roberto Marcondes Cesar Junior
Beneficiário:Daniel Santa Cruz Damineli
Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/22308-2 - Representações intermediárias em Ciência Computacional para descoberta de conhecimento, AP.TEM
Assunto(s):Biologia computacional   Biologia de sistemas   Análise de séries temporais   Expressão gênica
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:intermediate network representations | systems biology | Time series analysis | Biologia Computacional

Resumo

O Laboratório de Genômica Pediátrica do Departamento de Pediatria da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP) oferece uma posição de pós-doutorado para cientistas interessados na análise temporal da expressão gênica. O foco do projeto é na análise de séries temporais de expressão gênica para melhor compreender as propriedades dinâmicas dos sistemas biológicos, particularmente nos processos de transição saúde-doença. Especificamente, o bolsista participará de dois projetos: i) desenvolvimento de modelos matemático-computacionais para a investigação das alterações da expressão gênica no hipocampo de ratos submetidos a insulto hipertérmico (modelo animal de Epilepsia induzida por insulto febril); ii) estudo temporal das alterações da expressão gênica em enterócitos humanos durante a interação in vitro com bactérias enteropatogênicas. (AU)

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Publicações científicas (8)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
LOURENCO, JOSE; BARROS, SILVIA C.; ZE-ZE, LIBIA; DAMINELI, DANIEL S. C.; GIOVANETTI, MARTA; OSORIO, HUGO C.; AMARO, FATIMA; HENRIQUES, ANA M.; RAMOS, FERNANDA; LUIS, TIAGO; et al. est Nile virus transmission potential in Portuga. COMMUNICATIONS BIOLOGY, v. 5, n. 1, . (15/22308-2, 19/23343-7, 20/06160-3)
LI, KUNKUN; PRADA, JUAN; DAMINELI, DANIEL S. C.; LIESE, ANJA; ROMEIS, TINA; DANDEKAR, THOMAS; FEIJO, JOSE A.; HEDRICH, RAINER; KONRAD, KAI ROBERT. An optimized genetically encoded dual reporter for simultaneous ratio imaging of Ca2+ and H+ reveals new insights into ion signaling in plants. NEW PHYTOLOGIST, v. 230, n. 6, . (19/23343-7)
DAMINELI, DANIEL S. C.; PORTES, MARIA TERESA; FEIJO, JOSE A.. Electrifying rhythms in plant cells. CURRENT OPINION IN CELL BIOLOGY, v. 77, p. 11-pg., . (19/23343-7, 21/05363-0, 19/26129-6, 15/22308-2)
PORTES, MARIA TERESA; DAMINELI, DANIEL S. C.; FEIJO, JOSE A.. Spatiotemporal Quantification of Cytosolic pH in Arabidopsis Pollen Tubes. BIO-PROTOCOL, v. 11, n. 14, . (19/26129-6, 19/23343-7, 15/22308-2, 21/05363-0)
PINOTTI, FRANCESCO; WIKRAMARATNA, PAUL S.; OBOLSKI, URI; PATON, ROBERT S.; DAMINELI, DANIEL S. C.; ALCANTARA, LUIZ C. J.; GIOVANETTI, MARTA; GUPTA, SUNETRA; LOURENCO, JOSE. Potential impact of individual exposure histories to endemic human coronaviruses on age-dependent severity of COVID-19. BMC MEDICINE, v. 19, n. 1, . (19/23343-7, 20/06160-3)
HOFFMANN, ROBERT D.; PORTES, MARIA TERESA; OLSEN, LENE IRENE; DAMINELI, DANIEL SANTA CRUZ; HAYASHI, MAKI; NUNES, CUSTODIO O.; PEDERSEN, JESPER T.; LIMA, PEDRO T.; CAMPOS, CLAUDIA; FEIJO, JOSE A.; et al. Plasma membrane H+-ATPases sustain pollen tube growth and fertilization. NATURE COMMUNICATIONS, v. 11, n. 1, . (19/23343-7)
BADAIN, RAFAEL; DAMINELI, DANIEL S. C.; PORTES, MARIA TERESA; FEIJO, JOSE; BURATTI, STEFANO; TORTORA, GIORGIA; DE OLIVEIRA, HUGO NEVES; CESAR, ROBERTO M., JR.. AMEBaS: Automatic Midline Extraction and Background Subtraction of Ratiometric Fluorescence Time-Lapses of Polarized Single Cells. JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS, v. N/A, n. 196, p. 15-pg., . (21/05363-0, 20/06744-5, 19/23343-7, 19/26129-6, 15/22308-2)
BANDO, SILVIA Y.; BERTONHA, FERNANDA B.; VIEIRA, SANDRA E.; DE OLIVEIRA, DANIELLE B. L.; CHALUP, VANESSA N.; DURIGON, EDISON L.; PALMEIRA, PATRICIA; CURI, ANA CRISTINA P.; FARIA, CAROLINE S.; ANTONANGELO, LEILA; et al. Blood leukocyte transcriptional modules and differentially expressed genes associated with disease severity and age in COVID-19 patients. SCIENTIFIC REPORTS, v. 13, n. 1, p. 17-pg., . (20/06160-3, 19/23343-7, 15/22308-2)