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Monitoramento genômico ambiental para detecção e quantificação das variantes de SARS-CoV-2 no Brasil

Processo: 21/05316-2
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2021
Data de Término da vigência: 31 de julho de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Pesquisador responsável:Emmanuel Dias-Neto
Beneficiário:Emmanuel Dias-Neto
Instituição Sede: A C Camargo Cancer Center. Fundação Antonio Prudente (FAP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores associados: André Guilherme da Costa Martins ; Diana Noronha Nunes ; Dirce Maria Carraro ; Eurico de Arruda Neto ; Gilmar Patrocínio Thim ; Giovana Tardin Torrezan ; Helder Takashi Imoto Nakaya ; Israel Tojal da Silva ; Jeevan Giddaluru ; Marcos de Carvalho Borges ; Mauro César Cafundó de Morais ; Priscila Correia Fernandes ; Thais Fernanda Bartelli
Bolsa(s) vinculada(s):21/13674-6 - Monitoramento genômico ambiental para detecção e quantificação das variantes de SARS-CoV-2 no Brasil, BP.TT
Assunto(s):Biologia computacional  COVID-19  SARS-CoV-2  Variantes genéticas  Genômica  Análise de sequência de DNA 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | Covid-19 | Genomica ambiental | Microbiota | SARS-CoV-2 | sequenciamento | Genômica

Resumo

Não sabemos quais as variantes do SARS-CoV-2 ocorrem hoje no Brasil, quadro ainda mais agravado nas diferentes regiões do país. O pouco que se sabe é decorrente do estudo de pacientes com sintomatologia clássica ou suspeita para COVID-19, cujo material segue para determinação da variante viral após diagnóstico, que no melhor cenário é determinada vários dias após o início dos sintomas. Deste modo, este projeto busca auxiliar na aceleração da descoberta e determinação de variantes de maior importância local. O racional é que a determinação variantes encontradas em amostras ambientais talvez possa antecipar amostras que venham a ter maior relevância clínica em um futuro próximo. Do mesmo modo, não sabemos se variantes virais atuais irão permanecer com frequência relevante após a vacinação, se algumas vão crescer em prevalência após uma vacinação maciça, ou se novas variantes irão surgir após a vacinação, cenários estes que podem indicar algum nível de resistência à vacinação. Do mesmo modo, teremos um mecanismo mais rápido que pode detectar a entrada de variantes em plena ascensão em outros países do mundo. Trata-se de um projeto-piloto, que envolve seis cidades, metade no Estado do Paraná e metade no Estado de São Paulo. Nestas cidades avaliaremos amostras do ambiente hospitalar e não-hospitalar. Se bem-sucedido e informativo, aplicaremos para expansão do projeto para todo o país. Serão feitas apenas coletas ambientais, sem coletas em indivíduos. Os dados serão analisados com rapidez e divulgados para as autoridades de saúde competentes. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
VALIERIS, RENAN; DRUMMOND, RODRIGO D.; DEFELICIBUS, ALEXANDRE; DIAS-NETO, EMMANUEL; ROSALES, RAFAEL A.; DA SILVA, ISRAEL TOJAL. A mixture model for determining SARS-Cov-2 variant composition in pooled samples. Bioinformatics, v. 38, n. 7, p. 7-pg., . (21/05316-2)