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Genômica Populacional Humana: uma perspectiva a partir de populações miscigenadas

Processo: 21/14851-9
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Temático
Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2023
Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2028
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Diogo Meyer
Beneficiário:Diogo Meyer
Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores principais:
Erick da Cruz Castelli
Pesquisadores associados:Camila Ferreira Bannwart Castro ; Carla Luana Dinardo ; Celso Teixeira Mendes Junior ; Cibele Masotti ; Kelly Nunes ; Michel Satya Naslavsky ; Regina Célia Mingroni Netto
Bolsa(s) vinculada(s):25/00828-6 - Diferenciação populacional sob seleção forte: um estudo de caso com os loci HLA, BP.DD
24/05419-4 - Desacoplamento entre doença falciforme e ancestralidade africana no Brasil, BP.IC
Assunto(s):Genômica  Imunogenética  Genética populacional  População do Brasil  Miscigenação 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:genes HLA | Genética de populações | Genômica | Imunogenética | Populacoes Brasileiras | Genética de Populações

Resumo

A miscigenação entre populações produz genomas que são um mosaico de diferentes ancestralidades, podendo originar novas combinações genotípicas e afetar a diversidade genética. Essa diversidade é um substrato para a evolução adaptativa e pode modular fenótipos, inclusive de doenças. Dessa forma, compreender o impacto genético da miscigenação em populações humanas é de interesse evolutivo e biomédico. Neste projeto, investigaremos as consequências da miscigenação enfatizando dois aspectos: o papel da mistura em populações brasileiras e seu impacto em duas regiões genômicas envolvidas na imunidade: o Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) e o Complexo de Receptores de Leucócitos (LRC). Nossa pesquisa se estrutura em três temas principais. Primeiro, desenvolveremos ferramentas bioinformáticas capazes de resolver problemas que tipicamente afetam a análise de genes do MHC e LRC, que são consequência da extensa paralogia e alto polimorfismo desses genes. Aplicando nossas ferramentas, faremos um levantamento preciso da variação genética nesses genes em brasileiros e outras populações miscigenadas, discutindo os efeitos da variação para a função dos genes e para transplantes. Segundo, usaremos os dados recém-gerados para investigar como a seleção natural moldou as diferenças entre as populações no MHC e LRC e como a mistura recente contribui para a diversidade desses genes. Terceiro, iremos estender nossa pesquisa das consequências evolutivas da miscigenação além dos genes do MHC e LRC, investigando como a mistura contribui para a prevalência de alelos deletérios e causadores de doenças. Investigaremos especificamente como a miscigenação afeta a severidade da anemia falciforme, a doença mendeliana mais comum no Brasil, que tem se tornado cada vez mais presente em genomas com extensa ancestralidade não africana. Nossa pesquisa contribuirá para o entendimento de como a miscigenação está moldando a diversidade genômica dos brasileiros, um grupo ainda sub-representado em estudos genômicos, e destacará as consequências da miscigenação para os genes envolvidos na imunidade. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CIRIACO, VIVIANE APARECIDA DE OLIVEIRA; RODRIGUES, AMANDA MUNIZ; TIBURCIO, BRENDA CAROLINE DA SILVA; SILVA, JOYCE MACHADO; NALAVSKY, MICHEL SATYA; MENDES-JUNIOR, CELSO TEIXEIRA; CASTRO, CAMILA FERREIRA BANNWART; CASTELLI, ERICK C.. The MICA deletion across different populations. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 85, n. 6, p. 9-pg., . (21/14851-9, 21/13672-3)
CASTELLI, ERICK C.; PEREIRA, RAPHAELA NETO; PAES, GABRIELA SATO; ANDRADE, HELOISA S.; FERREIRA, MARCEL RODRIGUES; SANTOS, ICARO SCALISSE DE FREITAS; VINCE, NICOLAS; POLLOCK, NICHOLAS R.; NORMAN, PAUL J.; MEYER, DIOGO. kir-mapper: A Toolkit for Killer-Cell Immunoglobulin-Like Receptor (KIR) Genotyping From Short-Read Second-Generation Sequencing Data. HLA, v. 105, n. 3, p. 14-pg., . (21/14851-9)
SILVA, NAYANE S. B.; BOURGUIBA-HACHEMI, SONIA; CIRIACO, VIVIANE A. O.; KNORST, STEFAN H. Y.; CARMO, RAMON T.; MASOTTI, CIBELE; MEYER, DIOGO; NASLAVSKY, MICHEL S.; DUARTE, YEDA A. O.; ZATZ, MAYANA; et al. A multi-ethnic reference panel to impute HLA classical and non-classical class I alleles in admixed samples: Testing imputation accuracy in an admixed sample from Brazil. HLA, v. 103, n. 6, p. 12-pg., . (21/02815-8, 21/14851-9)