EMU concedido no processo 2017/10630-2: servidor

• Processo: 18/20026-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2025
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Lucia Galvão de Albuquerque
• Beneficiário: Lucia Galvão de Albuquerque
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/10630-2 - Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore, AP.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Análise de sequência de DNA Eficiência alimentar Qualidade da carne Equipamentos multiusuários
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Dados de sequenciamento | Bioinformática
• Página web do EMU: http://www.fcav.unesp.br/#!/servicos/equipamentos-multiusuarios/servidor-multiusuario-para-analise-da-dados/
• Tipo de equipamento: Infraestrutura - Tecnologia da Informação - Servidores
• Fabricante: Intel
• Modelo: 80 processadores

Resumo

EMU concedido no processo 2017/10630-2: Servidor. Resumo do projeto temático. De maneira geral, os rebanhos brasileiros precisam melhorar seus índices de eficiência e de qualidade do produto final que é a carne. Além disto, atualmente, existe uma preocupação mundial quanto ao aspecto da sustentabilidade da produção animal, o qual poderá ser melhorado por meio da seleção de animais que emitam menor quantidade de metano entérico para a atmosfera. Com a evolução das técnicas de sequenciamento completo do genoma e a diminuição do custo por animal, o sequenciamento tem sido proposto como alternativa aos chips de SNP, apresentando uma série de vantagens em relação aos mesmos. Assim, o presente projeto visa criar um banco de dados de emissão de metano entérico e utilizar um conjunto de informações de características de eficiência alimentar, qualidade de carne e carcaça bem como de reprodução, para realizar estudos genômicos com base em sequência completa do DNA, visando desenvolver tecnologias que permitam o melhor conhecimento biológico e o melhoramento da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de bovinos da raça Nelore. A princípio, serão desenvolvidos os seguintes tópicos no projeto: a) Estudo genético-quantitativo de características relacionadas à emissão de metano entérico e suas associações genéticas com características de eficiência alimentar; b) Estudo da acurácia de imputação para a sequência completa a partir de animais genotipados com chips comerciais com diferentes números de SNPs e utilizando diferentes métodos; c) Estudo da caracterização do genoma do Nelore utilizando dados de sequenciamento; d) Estudo de associação genômica ampla para características de importância econômica utilizando a sequência completa do genoma juntamente com o mapeamento fino de genes candidatos, visando à identificação das mutações causais e busca de mutações deletérias; e) Estudo de seleção genômica realizada com base em dados de sequenciamento para características relacionadas com a qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne; f) Análise de expressão gênica de características relacionadas com eficiência alimentar (transcriptoma). (AU)

Publicações científicas

(17)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SILVA, THALES DE LIMA; GONDRO, CEDRIC; FONSECA, PABLO AUGUSTO DE SOUZA; DA SILVA, DELVAN ALVES; VARGAS, GIOVANA; NEVES, HAROLDO HENRIQUE DE REZENDE; FILHO, IVAN CARVALHO; TEIXEIRA, CAIO DE SOUZA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; CARVALHEIRO, ROBERTO. Feet and legs malformation in Nellore cattle: genetic analysis and prioritization of GWAS results. FRONTIERS IN GENETICS, v. 14, p. 10-pg., 2023-08-16. (18/20026-8, 17/10630-2)

FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; DE OLIVEIRA, HENRIQUE NUNES; CARVALHEIRO, ROBERTO; CARDOSO, DIERCLES FRANCISCO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; VENTURA, RICARDO VIEIRA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Whole-genome sequencing provides new insights into genetic mechanisms of tropical adaptation in Nellore (Bos primigenius indicus). SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, JUN 10 2020. (09/16118-5, 19/12434-1, 18/10109-3, 18/20026-8, 17/10630-2)

ALVES, JACKELINE SANTOS; DIAZ, IARA DEL PILAR SOLAR; DA CRUZ, VALDECY APARECIDA ROCHA; BASTOS, MARISA SILVA; DE OLIVEIRA, LOUISE SARMENTO MARTINS; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; DE CAMARGO, GREGORIO MIGUEL FERREIRA; COSTA, RAPHAEL BERMAL. The effect of mitochondrial DNA polymorphisms on cattle reproduction. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 48, n. 1, JAN 2021. (18/20026-8, 17/10630-2, 09/16118-5)

MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; BRAGA MAGALHAES, ANA FABRICIA; FERRO, JESUS APARECIDO; LOYOLA CHARDULO, LUIZ ARTUR; BALDI, FERNANDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Small genetic variation affecting mRNA isoforms associated with marbling and meat color in beef cattle. FUNCTIONAL & INTEGRATIVE GENOMICS, v. N/A, p. 16-pg., 2022-03-19. (09/16118-5, 17/10630-2, 18/11154-2, 11/21241-0, 18/20026-8)

FERNANDES JUNIOR, GERARDO A.; CARVALHEIRO, ROBERTO; DE OLIVEIRA, HENRIQUE N.; SARGOLZAEI, MEHDI; COSTILLA, ROY; VENTURA, RICARDO V.; FONSECA, LARISSA F. S.; NEVES, HAROLDO H. R.; HAYES, BEN J.; DE ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Imputation accuracy to whole-genome sequence in Nellore cattle. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 53, n. 1, MAR 12 2021. (17/10630-2, 19/12434-1, 09/16118-5, 18/10109-3, 18/20026-8)

FREZARIM, GABRIELA B.; FONSECA, LARISSA F. S.; SALATTA, BRUNA M.; SILVA, DANIELLY B. S.; BRESOLIN, TIAGO; SENO, LEONARDO DE OLIVEIRA; BARUFATTI, ALEXEIA; FERRO, JESUS APARECIDO; ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Genes and proteins associated with ribeye area and meat tenderness in a commercial Nellore cattle population. GENOME, v. 65, n. 4, p. 12-pg., 2022-04-01. (18/20026-8, 17/10630-2, 16/23937-6)

MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; DE OLIVEIRA, HINAYAH ROJAS; BALDI, FERNANDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; FERRO, JESUS APARECIDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Identification of novel mRNA isoforms associated with meat tenderness using RNA sequencing data in beef cattle. MEAT SCIENCE, v. 173, MAR 2021. (18/20026-8, 11/21241-0, 18/11154-2, 09/16118-5, 17/10630-2)

SILVA, DANIELLY B. S.; FONSECA, LARISSA F. S.; PINHEIRO, DANIEL G.; MAGALHAES, ANA F. B.; MUNIZ, MARIA M. M.; FERRO, JESUS A.; BALDI, FERNANDO; CHARDULO, LUIS A. L.; SCHNABEL, ROBERT D.; TAYLOR, JEREMY F.; et al. Spliced genes in muscle from Nelore Cattle and their association with carcass and meat quality. SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, SEP 7 2020. (17/10630-2, 15/16850-9, 09/16118-5, 16/22894-1, 18/20026-8)

MARIN-GARZON, N. A.; MAGALHAES, A. F. B.; SCHMIDT, P. I.; SERNA, M.; FONSECA, L. F. S.; SALATTA, B. M.; FREZARIM, G. B.; FERNANDES-JUNIOR, G. A.; BRESOLIN, T.; CARVALHEIRO, R.; et al. Genome-wide scan reveals genomic regions and candidate genes underlying direct and maternal effects of preweaning calf mortality in Nellore cattle. Genomics, v. 113, n. 3, p. 1386-1395, MAY 2021. (17/10630-2, 18/20026-8)

ALVES, A. A. C.; ESPIGOLAN, R.; BRESOLIN, T.; COSTA, R. M.; FERNANDES JUNIOR, G. A.; VENTURA, R. V.; CARVALHEIRO, R.; ALBUQUERQUE, L. G.. Genome-enabled prediction of reproductive traits in Nellore cattle using parametric models and machine learning methods. ANIMAL GENETICS, v. 52, n. 1, NOV 2020. (17/10630-2, 09/16118-5, 18/20026-8, 16/24227-2)

MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; BECKER SCALEZ, DAIANE CRISTINA; VEGA, AROA SUAREZ; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FERRO, JESUS APARECIDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; BALDI, FERNANDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Characterization of novel lncRNA muscle expression profiles associated with meat quality in beef cattle. EVOLUTIONARY APPLICATIONS, v. 15, n. 4, p. 13-pg., 2022-03-25. (18/11154-2, 18/20026-8, 09/16118-5, 17/10630-2, 11/21241-0)

SERNA-GARCIA, MARTA; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; ROMERO, JOAQUIN JAVIER PANADERO; ASUNCION, JULIAN CARRETERO; SILVA, DANIELLY BERALDO DOS SANTOS; SALATTA, BRUNA MARIA; FREZARIM, GABRIELA BONFA; MERCADANTE, MARIA EUGENIA ZERLOTTI; BONILHA, SARAH FIGUEIREDO MARTINS; FERRO, JESUS APARECIDO; et al. Transcriptome Profiling of the Liver in Nellore Cattle Phenotypically Divergent for RFI in Two Genetic Groups. ANIMALS, v. 13, n. 3, p. 22-pg., 2023-02-01. (18/20026-8, 09/16118-5, 17/10630-2)

SCHETTINI, GUSTAVO PIMENTA; PERIPOLLI, ELISA; ALEXANDRE, PAMELA ALMEIDA; DOS SANTOS, WELLINGTON BIZARRIA; CRAVO PEREIRA, ANGELICA SIMONE; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; BALDI, FERNANDO; CURI, ROGERIO ABDALLAH. Transcriptome Profile Reveals Genetic and Metabolic Mechanisms Related to Essential Fatty Acid Content of Intramuscular Longissimus thoracis in Nellore Cattle. METABOLITES, v. 12, n. 5, p. 18-pg., 2022-05-01. (18/20026-8, 17/10630-2)

ALVES, ANDERSON ANTONIO CARVALHO; DA COSTA, REBEKA MAGALHAES; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; CARVALHEIRO, ROBERTO; VENTURA, RICARDO VIEIRA; ROSA, GUILHERME JORDAO DE MAGALHAES; ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. A Random Forest-Based Genome-Wide Scan Reveals Fertility-Related Candidate Genes and Potential Inter-Chromosomal Epistatic Regions Associated With Age at First Calving in Nellore Cattle. FRONTIERS IN GENETICS, v. 13, p. 18-pg., 2022-05-18. (18/20026-8, 17/10630-2, 09/16118-5, 16/24227-2)

FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; PERIPOLLI, ELISA; SCHMIDT, PATRICIA IANA; CAMPOS, GABRIEL SOARES; MOTA, LUCIO FLAVIO MACEDO; MERCADANTE, MARIA EUGENIA ZERLOTTI; BALDI, FERNANDO; CARVALHEIRO, ROBERTO; DE ALNUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Current applications and perspectives of genomic selection in Bos indicus (Nellore) cattle. LIVESTOCK SCIENCE, v. 263, p. 15-pg., 2022-09-01. (18/20026-8, 17/10630-2, 18/10109-3)

FILHO, IVAN CARVALHO; SILVA, DELVAN A.; TEIXEIRA, CAIO S.; SILVA, THALES L.; MOTA, LUCIO F. M.; ALBUQUERQUE, LUCIA G.; CARVALHEIRO, ROBERTO. Heteroscedastic Reaction Norm Models Improve the Assessment of Genotype by Environment Interaction for Growth, Reproductive, and Visual Score Traits in Nellore Cattle. ANIMALS, v. 12, n. 19, p. 24-pg., 2022-10-01. (18/20026-8, 19/06361-1, 17/10630-2)

MUNIZ, MALANE M.; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; CANOVAS, ANGELA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FERRO, JESUS APARECIDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; BALDI, FERNANDO; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Structural variants affecting mRNAs isoforms splice sites associated with marbling in Nellore cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 98, p. 2-pg., 2020-11-01. (18/11154-2, 11/21241-0, 09/16118-5, 18/20026-8, 17/10630-2)