Análise de co-expressão gênica indica potenciais vias e reguladores da maciez da carne em bovinos Nelore

• Processo: 18/20559-6
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Luiz Lehmann Coutinho
• Beneficiário: Luiz Lehmann Coutinho
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Análise de sequência de RNA Carnes e derivados Genômica MicroRNAs Transcriptoma Bovinos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bovine | meat | microRNA | Networks | RNA-seq | transcriptome | Genômica

Resumo

A maciez da carne é um característica complexa que é afetada por muitos fatores, é economicamente importante para a qualidade da carne, indústria e consumidores. Neste estudo, dados de RNA-seq foram utilizados em uma análise de biologia de sistemas para melhor compreender os processos biológicos que levam a diferenças na maciez da carne. O perfil transcricional de 24 novilhos da raça Nelore, com valores extremos para valor esperado da progênie para força de sizalhamento aos 14 dias de maturação foram analisados e 22 genes diferencialmente expressos foram identificados. Entre eles genes codificantes para proteinas ribossomais, glutathione transporter ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 4 (ABCC4), e synaptotagmin IV (SYT4). Analises complementárias de co-expressão usando a teoria da informação de correlações parciais (PCIT), fator de impacto fenotípico (PIF) e fator de impacto regulatório (RIF) identificaram candidatos regulatórios e vias metabólicas. A análise de PCIT identificou ubiquitin specific peptidase 2 (USP2), growth factor receptor-bound protein 10 (GBR10), anoctamin 1 (ANO1), e transmembrane BAX inhibitor motif containing 4 (TMBIM4) como os mais diferencialmente controlados. Os transcritos que apresentaram correlação significativa com USP2, GBR10, ANO1, and TMBIM4 foram enriquecidos para a via KEGG de proteasome. A análise RIF identificou microRNAs como reguladores da variação de maciez, entre eles bta-mir-133a-2 and bta-mir-22. Os dois microRNAs tem como alvos genes presentes nas vias de sinalização de cálcio e apoptose. A análise de PIF identificou myoglobin (MB), enolase 3 (ENO3), and carbonic anhydrase 3 (CA3) como tendo papel fundantal no controle da maciez. As vias identificadas neste estudo e que tem impacto na maciez da carne incluem sinalização de cálcio, apoptose e proteólise. Estes resultados revelam alguns dos complexos mecanismos moleculares que controlam a maciez da carne em bovinos da raça Nelore. (AU)