Dinâmica evolutiva e regulação de elementos de transposição em populações e espécies de Drosophila

• Processo: 10/10731-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2013
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Claudia Marcia Aparecida Carareto
• Beneficiário: Claudia Marcia Aparecida Carareto
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Auxílio(s) vinculado(s): 10/52348-2 - Dinâmica evolutiva e regulação de elementos de transposição em populações e espécies de Drosophila, AP.R
• Assunto(s): Variação genética Genomas Drosophila
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Drosophila | elementos de transposição | Hibridização | Regulação | Transposição | Evolução Molecular

Resumo

Os elementos de transposição têm uma influência importante para a criação de variabilidade genética necessária à adaptação das populações e evolução das espécies. Esse projeto refere-se ao estudo do impacto dos TEs sobre a evolução dos genomas, das populações e das espécies. O conhecimento dos mecanismos pelos quais os genomas e as populações regulam a atividade de tais elementos é uma questão fundamental da genética de populações e da genômica funcional. Em dois subprojetos, pretendemos investigar a dinâmica de dispersão e atuação dos TEs nos genomas de espécies aparentadas, bem como, em seus híbridos, utilizando como modelo espécies próximas (D. melanogaster e D. simulans; D. mojavensis e D. arizonae) e avaliar a ação nessa dinâmica de fatores intrínsecos aos elementos (sub-classe a que pertencem, proporção total no genoma e número específico de inserções) ou às espécies (tamanho populacional, estado ancestral, ancião ou colonizador das populações amostradas, e hibridização) e ao ambiente (temperatura e hábitats particulares que ocupam). (AU)

Publicações científicas

(6)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

LOPEZ-MAESTRE, HELENE; BRINZA, LILIA; MARCHET, CAMILLE; KIELBASSA, JANICE; BASTIEN, SYLVERE; BOUTIGNY, MATHILDE; MONNIN, DAVID; EL FILALI, ADIL; CARARETO, CLAUDIA MARCIA; VIEIRA, CRISTINA; et al. SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence. Nucleic Acids Research, v. 44, n. 19, NOV 2 2016. (10/10731-4)

DIAS, ELAINE SILVA; APARECIDA CARARETO, CLAUDIA MARCIA. msechBari, a new MITE-like element in Drosophila sechellia related to the Bari transposon. GENETICS RESEARCH, v. 93, n. 6, p. 381-385, DEC 2011. (08/07629-3, 10/10731-4)

CARNELOSSI, ELIAS A. G.; LERAT, EMMANUELLE; HENRI, HELENE; MARTINEZ, SONIA; CARARETO, CLAUDIA M. A.; VIEIRA, CRISTINA. Specific Activation of an I-Like Element in Drosophila Interspecific Hybrids. GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, v. 6, n. 7, p. 1806-1817, JUL 2014. (10/10056-5, 10/10731-4)

LOPEZ-MAESTRE, HELENE; CARNELOSSI, ELIAS A. G.; LACROIX, VINCENT; BURLET, NELLY; MUGAT, BRUNO; CHAMBEYRON, SEVERINE; CARARETO, CLAUDIA M. A.; VIEIRA, CRISTINA. Identification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, JAN 16 2017. (10/10731-4)

FISCHER, CARLOS N.; CARARETO, CLAUDIA M. A.; DOS SANTOS, RENATO A. C.; CERRI, RICARDO; COSTA, EDUARDO; SCHIETGAT, LEANDER; VENS, CELINE. Learning HMMs for nucleotide sequences from amino acid alignments. Bioinformatics, v. 31, n. 11, p. 1836-1838, JUN 1 2015. (12/24774-2, 10/10731-4)

DIAS, ELAINE SILVA; APARECIDA CARARETO, CLAUDIA MARCIA. Ancestral polymorphism and recent invasion of transposable elements in Drosophila species. BMC Evolutionary Biology, v. 12, JUL 23 2012. (08/07629-3, 10/10731-4)