Integrative transcriptome analysis identifies deregulated microRNA-transcription factor networks in lung adenocarcinoma.

• Processo: 16/06381-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2016
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Cirurgia
• Pesquisador responsável: Patricia Pintor dos Reis
• Beneficiário: Patricia Pintor dos Reis
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): MicroRNAs
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: lung adenocarcinoma | MicroRNAs | molecular targets | transcription factor networks | transcriptome sequencing | oncologia torácica

Resumo

O objetivo desse estudo foi identificar alterações no transcritoma global de microRNAs (miRNAs) e genes-alvo dos miRNAs em adenocarcinoma pulmonar. As amostras foram selecionadas em grupos de treinamento (N=24) e de validação independente (N=34). Os tecidos foram macrodissecados para a obtenção de >90% de células normais e tumorais e submetidos ao sequenciamento do transcritoma e validação pela metodologia de PCR quantitativa utilizando sondas TaqMan. Adicionalmente, integramos nossos dados com bancos de dados públicos de 1.491 adenocarcinomas pulmonares e 455 amostras de tecido pulmonar normal. Nesse estudo, identificamos miRNAs desregulados significativamente (pd0.01 e FDRd0.1), previamente conhecidos e novos, em adenocarcinoma pulmonar comparado com tecidos pulmonares normais: let-7a, miR-10a, miR-15b, miR-23b, miR-26a, miR-26b, miR-29a, miR-30e, miR-99a, miR-146b, miR-181b, miR-181c, miR-421, miR-181a, miR-574 and miR-1247. Os miRNAs validados incluíram o let-7a-2, let-7a-3, miR-15b, miR-21, miR-155 and miR-200b; altos níveis de expressão do miR-21 foram associados com baixa sobrevida dos pacientes (p=0.042). Identificamos uma rede regulatória incluindo o miR-15b e o miR-155 e fatores de transcrição com valor prognóstico em câncer de pulmão. Nossos achados devem contribuir para o desenvolvimento de estratégias de tratamento em adenocarcinoma pulmonar. (AU)