Desenvolvimento e aplicação de campo de força coarse-graining em sistemas auto-organizados

• Processo: 17/03204-7
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2017
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
• Pesquisador responsável: Luis Gustavo Dias
• Beneficiário: Luis Gustavo Dias
• Instituição Sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Química teórica Modelagem molecular Simulação de dinâmica molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Coarse-graining | molecular dynamics | self-assembled | Soft matter | Química Teórica

Resumo

Modelagem molecular é uma importante ferramenta para avaliar processos e mecanismos em nível nanoscópico, auxiliando a compreensão dos fenômenos envolvidos e interpretação de dados experimentais. Procura-se aumentar a potencialidade desta técnica via descrição melhorada do comportamento molecular, ou seja, há um constante interesse no desenvolvimento de campos de força que reproduzam detalhadamente o que ocorre experimentalmente. Por outro lado, tem-se aliado a este interesse a busca por modelos simplificados (coarse-grained) que contenham um número menor sítios de interação ou descritos por potenciais efetivos, visando abranger maiores escalas espaços-temporais. Este projeto pretende desenvolver e/ou adaptar um campo de força coarse-grained (ELBA) para sistemas auto-organizados (p.e., biomembranas, peptídeos, copolímeros, surfatantes) de forma que as simulações reproduzam consistentemente as interações eletrostáticas e de Van der Waals e, conseqüentemente, reproduzam os fenômenos de interesse de forma inequívoca. As simulações com campos de força coarse-grained auxiliarão na interpretação de resultados experimentais. (AU)

Publicações científicas

(8)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FREITAS, ADILSON A.; SHIMIZU, KARINA; DIAS, LUIS G.; QUINA, FRANK H.. Computational insights into substituent effects on the stability and reactivity of flavylium cation analogs of anthocyanins. ARKIVOC, n. 2, p. 146+, 2020. (13/08166-5, 17/03204-7)

HABENSCHUS, MAISA DANIELA; NARDINI, VIVIANI; DIAS, LUIS GUSTAVO; ROCHA, BRUNO ALVES; BARBOSA, JR., FERNANDO; MORAES DE OLIVEIRA, ANDERSON RODRIGO. In vitro enantioselective study of the toxicokinetic effects of chiral fungicide tebuconazole in human liver microsomes. ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY, v. 181, p. 96-105, OCT 15 2019. (14/50945-4, 17/03204-7, 18/07534-4, 13/08166-5)

DE SOUZA, R. M.; RATOCHINSKI, R. H.; KARTTUNEN, MIKKO; DIAS, L. G.. Self-Assembly of Phosphocholine Derivatives Using the ELBA Coarse-Grained Model: Micelles, Bicelles, and Reverse Micelles. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 522-536, FEB 2020. (17/03204-7, 13/08166-5, 18/13867-6)

FREITAS, ADILSON A.; SHIMIZU, KARINA; DIAS, LUIS G.; QUINA, FRANK H.. Computational insights into substituent effects on the stability and reactivity of flavylium cation analogs of anthocyanins. ARKIVOC, v. N/A, p. 30-pg., 2020-01-01. (17/03204-7, 13/08166-5)

SIANI, P.; KHANDELIA, H.; ORSI, M.; DIAS, L. G.. Parameterization of a coarse-grained model of cholesterol with point-dipole electrostatics. Journal of Computer-Aided Molecular Design, v. 32, n. 11, p. 1259-1271, NOV 2018. (17/03204-7, 13/08166-5)

ALVES, NELSON A.; DIAS, LUIS G.; FRIGORI, RAFAEL B.. Synergistic long-range effects of mutations underlie aggregation propensities of amylin analogues. Journal of Molecular Modeling, v. 25, n. 9, SEP 2019. (13/08166-5, 17/03204-7, 16/04176-4)

FONSECA, FRANCIELE S.; CARRAO, DANIEL B.; DE ALBUQUERQUE, NAYARA C. P.; NARDINI, VIVIANI; DIAS, LUIS G.; DA SILVA, RODRIGO M.; LOPES, NORBERTO P.; DE OLIVEIRA, ANDERSON R. M.. Myclobutanil enantioselective risk assessment in humans through in vitro CYP450 reactions: Metabolism and inhibition studies. Food and Chemical Toxicology, v. 128, p. 202-211, JUN 2019. (14/50945-4, 17/03204-7, 13/08166-5, 18/07534-4, 16/07597-0)

HABENSCHUS, MAISA DANIELA; CARRAO, DANIEL BLASCKE; PEREZ DE ALBUQUERQUE, NAYARA CRISTINA; PEROVANI, ICARO SALGADO; DA SILVA, RODRIGO MOREIRA; NARDINI, VIVIANI; LOPES, NORBERTO PEPORINE; DIAS, LUIS GUSTAVO; MORAES DE OLIVEIRA, ANDERSON RODRIGO. In vitro enantioselective inhibition of the main human CYP450 enzymes involved in drug metabolism by the chiral pesticide tebuconazole. Toxicology Letters, v. 351, p. 1-9, OCT 15 2021. (14/50945-4, 18/07534-4, 17/03204-7)