Desenvolvimento e validacao de protocolos para a anotacao automatica de sequencias orestes de eimeria spp. de galinha domestica.

• Processo: 06/53084-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2006
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2008
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia
• Pesquisador responsável: Arthur Gruber
• Beneficiário: Milene Ferro
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Eimeria Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Anotacao De Genes | Coccidiose Aviaria | Egenes | Eimeria | Pipelines | Sequenciamento De Dna

Resumo

A coccidiose aviaria é uma doença causada por protozoários do gênero Eimeria, e causa grandes prejuízos à indústria avícola. Visando se obter um maior conhecimento do transcriptoma do parasita e realizar estudos comparativos entre diferentes espécies de Eimeria, nosso grupo gerou 15.000 seqüências ORESTES de cada uma das três espécies mais importantes de Eimeria: E. tenella, E. acervulina e E. máxima. Um projeto de análise da expressão diferencial de genes em diferentes estágios também está em andamento (FAPESP 2003/14031-3). O nosso grupo também desenvolveu o programa EGene (Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005), um sistema de construção de pipelines para a análise automatizada de seqüências de DNA e proteínas. Mais recentemente, Milene Ferro, estudante de IC, desenvolveu novos componentes do EGene para a anotação automática de seqüências. No presente projeto de Mestrado pretende-se continuar esse trabalho com o desenvolvimento de alguns novos componentes e, em seguida, elaborar protocolos de anotação automatizada de seqüências. Esses protocolos serão implementados na forma de "pipelines" e aplicados nas seqüências ORESTES obtidas pelo nosso grupo. Objetiva-se, assim, concluir o desenvolvimento de um sistema de anotação automática de um lado e, de outro, realizar a anotação automática de "clusters" de ORESTES de Eimeria, incluindo a identificação dos genes, função dos produtos, análise de similaridade, busca de domínios protéicos e determinação de termos GO. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

FERRO, Milene. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de sequências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica.. 2008. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI) São Paulo.