Identificação in silico e caracterização funcional de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp

• Processo: 08/53929-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2008
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Angela Kaysel Cruz
• Beneficiário: Elton José Rosas de Vasconcelos
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 06/50323-7 - Estudo do controle da expressão gênica e plasticidade genética em Leishmania, AP.TEM
• Assunto(s): Genoma de protozoário Expressão gênica Leishmania Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Elementos Inter Codificadores | Leishmania Spp

Resumo

Os protozoários Leishmania spp. são organismos unicelulares, pertencentes à ordem Kinetoplastida e à família Trypanosomatidae. São modelos de estudo por sua importância médica e por serem eucariotos ancestrais. Com relação à pesquisa genômica de tripanossomatídeos, os avanços recentes sustentam a necessidade urgente de explorar a vasta informação acumulada para a interligação da biologia dos organismos estudados. Particularmente com referência às espécies de Leishmania já sequenciadas, estudos de genômica comparativa centrados na identificação dos padrões de conservação associados às regiões inter-codificadoras (que incluem as regiões intergênicas e as 5'- e 3'-não traduzidas) podem ser chaves computacionais importantes para um entendimento biológico mais completo dos mecanismos de controle de expressão gênica desses parasitas. Utilizando os genomas anotados de Leishmania braziliensis (versão 2.0), L. infantum (versão 2.0) e L. major (versão 5.2) (http://www.sanger.ac.uk) definimos a estratégia computacional, procedemos com a identificação desses elementos conservados e conduzimos experimentos preliminares para a caracterização funcional dessas sequências, com resultados promissores. No presente estudo, nosso objetivo é caracterizar funcionalmente alguns dos elementos inter-codificadores identificados utilizando os dados gerados pelo mapeamento in silico desses alvos. A expressão de genes repórteres na presença ou ausência dos elementos e a influência de proteínas identificadas como potenciais ligantes serão analisados para esclarecer possíveis papéis regulatórios desses elementos e de revelar novos componentes moleculares que atuem no controle da expressão gênica de Leishmania. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

VASCONCELOS, E. J. R.; TERRAO, M. C.; RUIZ, J. C.; VENCIO, R. Z. N.; CRUZ, A. K.. In silico identification of conserved intercoding sequences in Leishmania genomes: Unraveling putative cis-regulatory elements. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 183, n. 2, p. 140-150, JUN 2012. (08/53929-9, 08/04969-8, 06/50323-7)