Construção in silico da rede integrada de interações moleculares envolvida com a regulação do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular em Homo sapiens

• Processo: 07/01213-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2008
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica de Processos e Sistemas
• Pesquisador responsável: Ney Lemke
• Beneficiário: Marcio Luis Acencio
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Ciclo celular Matriz extracelular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | biologia sistêmica | ciclo celular | matriz extracelular | Modelagem | Redes Biológicas | Estudo e Análise de Redes Biológicas

Resumo

O método reducionista tem ajudado no esclarecimento do funcionamento de muitos processos biológicos. Porém, tais processos são extremamente complexos e possuem propriedades emergentes que não podem ser explicadas ou mesmo previstas através do reducionismo. Para suplantar esses limites, pesquisadores têm usado um conjunto de métodos conhecido como biologia sistêmica, nova área da biologia cujo objetivo é a compreensão das interações não-lineares entre os múltiplos componentes dos processos biológicos. Essas interações podem ser representadas por um objeto matemático chamado grafo ou rede, onde os elementos interagentes são representados por nodos e as interações por arcos que conectam pares de nodos. Neste projeto, nós propomos a construção in silico da rede integrada de interações moleculares entre genes envolvida com a regulação do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular em Homo sapiens. Na maioria das células, a progressão do ciclo celular é dependente da adesão à matriz extracelular. Porém, após transformação oncogênica, as células adquirem a capacidade de proliferação na ausência de adesão à matriz extracelular. Tal habilidade é uma das propriedades fundamentais das células tumorais e também requisito para a aquisição da capacidade metastática. Como as metástases são responsáveis pela grande maioria das mortes por câncer, a análise não-linear e sistêmica da regulação do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular pode levar a uma melhor compreensão de tal processo e também à descoberta de drogas que perturbem o sistema de forma a causar efeitos colaterais mínimos. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

COSTA‚ P.R.; ACENCIO‚ M.L.; LEMKE‚ N.. A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes based on systems-level data. BMC Genomics, v. 11, n. Suppl 5, p. S9, 2010. (07/02827-9, 07/01213-7, 07/08466-8)

ACENCIO, MARCIO L.; LEMKE, NEY. Towards the prediction of essential genes by integration of network topology, cellular localization and biological process information. BMC Bioinformatics, v. 10, SEP 16 2009. (07/02827-9, 07/01213-7)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ACENCIO, Marcio Luis. Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da trnsição G1/S do ciclo celular plea adesão à matriz extracelular. 2011. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.