Estudo de inverted repeats em genomas de mamíferos e plantas

• Processo: 08/02647-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2008
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética
• Pesquisador responsável: Michel Eduardo Beleza Yamagishi
• Beneficiário: Roberto Hirochi Herai
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Genomas Mamíferos Plantas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genomas | Inverted Repeats | Seqüências repetitivas | Suffix Arrays | Bioinformática

Resumo

As sequências repetitivas (SR), complementares ou não, equivalem, aproximadamente, a 50% do genoma em mamíferos, podendo chegar até a 90% nas plantas. Em estudos voltados para a identificação de genes, tais sequências são previamente mascaradas e removidas para evitar vieses nas análises estatísticas. Contudo, ultimamente, as SR têm sido, elas próprias, objeto de pesquisa, visto que há evidências científicas de seu papel na regulação gênica, como, por exemplo, RNAi, que é uma SR (inverted repeat) quimicamente complementar, exata ou parcial, de uma molécula de mRNA, desativando ou reprimindo parcialmente a tradução. Uma dificuldade inerente ao estudo de SR é a complexidade do problema de identificá-las, uma vez que tal problema é NP-difícil. Há na literatura alguns algoritmos eficientes que usam a estrutura de dados Suffix Array para tal tarefa. O objetivo deste trabalho é, primeiramente, aprimorar os algoritmos de Suffix Array para identificar as classes mais comuns de SR, possibilitando a caracterização estatística de tais sequências, e, posteriormente, aproveitando essa caracterização e o banco de dados criados, estudar possíveis implicações biológicas, particularmente, para as inverted repeats que são objeto principal desse estudo. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

HERAI, ROBERTO HIROCHI; BELEZA YAMAGISHI, MICHEL E.. Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 11, n. 2, p. 198-209, MAR 2010. (08/02647-3)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

HERAI, Roberto Hirochi. Metodologias de bioinformatica para detecção e estudo de sequencias repetitivas em loci genicos de transcritos quimericos. 2010. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.