Identificação de cópias alélicas de locos que controlam caracteres de importância econômica e análise de sua variação entre cromossomos hom(e)ologas em cana-de-açúcar (Saccharum spp.)

• Processo: 10/50119-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2010
• Data de Término da vigência: 14 de abril de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Danilo Augusto Sforça
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52197-4 - Genomic-assisted breeding of sugarcane: using molecular markers for understanding the genetic architecture of quantitative traits and to implement marker assisted selection, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Análise de sequência de DNA Polimorfismo genético Desequilíbrio alélico Cromossomos artificiais bacterianos Marcador molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cana-De-Acucar | Est-Ssrs | Mapeamento | Qtls | Spns | Variacao Alelica

Resumo

O conhecimento da variação na sequência de bases dos diferentes alelos possibilita a obtenção de informações da variação inter e intra-genótipos de uma espécie. O conhecimento das variações alélicas dos genes de interesse no melhoramento, bem como dos haplótipos existentes envolvendo os diferentes locos em cada genitor de um cruzamento, é fundamental para a compreensão do desequilíbrio de ligação. Consequentemente, também é essencial para a construção de mapas de associação em cana-de-açúcar por meio de marcadores SNPs e mapeamento de QTLs. Uma maneira eficiente de se acessar a variação alélica entre locos homólogos em uma espécie é através do sequenciamento de locos gênicos específicos e de interesse, identificados em clones de BACs. Nesse projeto, será construída uma biblioteca de BACs que servirá como importante recurso genômico para a descoberta e análise de polimorfismos alélicos existentes em diferentes regiões de interesse, através do sequenciamento de clones de BACs. Será utilizado DNA da variedade SP80-3280. Esta variedade será sequenciada no programa BIOEN e no Consórcio Internacional em desenvolvimento, e foi utilizada como um dos genitores em cruzamentos biparentais usados para o mapeamento genético por grupos da UNICAMP-ESALQ/USP, RIDESA e IAC. Pretende-se efetuar o sequenciamento de clones de BACs referentes a cinco regiões genômicas associadas a genes de interesse, de modo a analisar comparativamente a organização alélica presente nos diferentes hom(e)ólogos, bem como identificar os cromossomos correspondentes através de Fish entre os as sequências desses genes de diferentes clones BACs e os cromossomos da variedade em estudo. Durante o sequenciamento, serão identificados marcadores (SNP e SSR), os quais serão avaliados quanto ao polimorfismo, desenvolvidos como marcadores e integrados ao mapa em desenvolvimento pela RIDESA, IAC e UNICAMP-ESALQ/USP. (AU)

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MANCINI, MELINA C.; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO B.; SFORCA, DANILO A.; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. "Targeted Sequencing by Gene Synteny," a New Strategy for Polyploid Species: Sequencing and Physical Structure of a Complex Sugarcane Region. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, p. 8-pg., 2018-03-28. (17/05014-0, 14/11482-9, 15/16399-5, 10/50119-6, 08/52197-4)

MANCINI, MELINA C.; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO B.; SFORCA, DANILO A.; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. ``Targeted Sequencing by Gene Synteny,{''} a New Strategy for Polyploid Species: Sequencing and Physical Structure of a Complex Sugarcane Region. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, MAR 28 2018. (17/05014-0, 10/50119-6, 15/16399-5, 14/11482-9, 08/52197-4)

AONO, ALEXANDRE HILD; GONZAGA PIMENTA, RICARDO JOSE; BASSO GARCIA, ANA LETYCIA; CORRER, FERNANDO HENRIQUE; HOSAKA, GUILHERME KENICHI; CARRASCO, MARISHANI MARIN; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; MANCINI, MELINA CRISTINA; SFORCA, DANILO AUGUSTO; DOS SANTOS, LUCAS BORGES; et al. The Wild Sugarcane and Sorghum Kinomes: Insights Into Expansion, Diversification, and Expression Patterns. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 12, JUL 7 2021. (14/11482-9, 18/18588-8, 19/03232-6, 10/50091-4, 15/22993-7, 10/50119-6, 15/16399-5, 08/52197-4, 19/21682-9, 05/55258-6, 20/07434-0, 19/19340-2)

SFORCA, DANILO AUGUSTO; VAUTRIN, SONIA; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; MANCINI, MELINA CRISTINA; ROMERO-DA CRUZ, MARIA VICTORIA; PEREIRA, GUILHERME DA SILVA; CONTE, MONICA; BELLEC, ARNAUD; DAHMER, NAIR; FOURMENT, JOELLE; et al. Gene Duplication in the Sugarcane Genome: A Case Study of Allele Interactions and Evolutionary Patterns in Two Genic Regions. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 10, MAY 7 2019. (15/16399-5, 08/52197-4, 10/50119-6, 14/11482-9)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SFORÇA, Danilo Augusto. Variação genética em poliploides complexos: desvendando a dinâmica alélica em cana-de-açúcar = Genetic variation in complex polyploids: unveiling the dynamic allelic features of sugarcane. 2019. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.