Identificação de cópias alélicas de locos que controlam caracteres de importância econômica e análise de sua variação entre cromossomos hom(e)ologas em cana-de-açúcar (Saccharum spp.)

Resumo

O conhecimento da variação na sequência de bases dos diferentes alelos possibilita a obtenção de informações da variação inter e intra-genótipos de uma espécie. O conhecimento das variações alélicas dos genes de interesse no melhoramento, bem como dos haplótipos existentes envolvendo os diferentes locos em cada genitor de um cruzamento, é fundamental para a compreensão do desequilíbrio de ligação. Consequentemente, também é essencial para a construção de mapas de associação em cana-de-açúcar por meio de marcadores SNPs e mapeamento de QTLs. Uma maneira eficiente de se acessar a variação alélica entre locos homólogos em uma espécie é através do sequenciamento de locos gênicos específicos e de interesse, identificados em clones de BACs. Nesse projeto, será construída uma biblioteca de BACs que servirá como importante recurso genômico para a descoberta e análise de polimorfismos alélicos existentes em diferentes regiões de interesse, através do sequenciamento de clones de BACs. Será utilizado DNA da variedade SP80-3280. Esta variedade será sequenciada no programa BIOEN e no Consórcio Internacional em desenvolvimento, e foi utilizada como um dos genitores em cruzamentos biparentais usados para o mapeamento genético por grupos da UNICAMP-ESALQ/USP, RIDESA e IAC. Pretende-se efetuar o sequenciamento de clones de BACs referentes a cinco regiões genômicas associadas a genes de interesse, de modo a analisar comparativamente a organização alélica presente nos diferentes hom(e)ólogos, bem como identificar os cromossomos correspondentes através de Fish entre os as sequências desses genes de diferentes clones BACs e os cromossomos da variedade em estudo. Durante o sequenciamento, serão identificados marcadores (SNP e SSR), os quais serão avaliados quanto ao polimorfismo, desenvolvidos como marcadores e integrados ao mapa em desenvolvimento pela RIDESA, IAC e UNICAMP-ESALQ/USP. (AU)