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Identificação de transcritos e padrões de expressão utilizando RNA-seq

Processo: 11/03050-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2011
Vigência (Término): 31 de março de 2012
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
Beneficiário:Osvaldo Reis Júnior
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:09/50119-9 - Estudo integrado e comparativo de três doenças fúngicas do cacau: vassoura-de-bruxa, monilíase e mal do facão, visando à compreensão de mecanismos de patogenicidade para o desenvolvimento de estratégias de controle, AP.TEM
Assunto(s):Biologia computacional   Expressão gênica   Análise de sequência de RNA   Transcriptoma

Resumo

O fungo basidiomiceto Moniliophthora perniciosa é o agente etiológico da doença Vassoura de Bruxa no cacaueiro (Theobroma cacao). Em 1989, relatou-se pela primeira vez a ocorrência da doença no sul da Bahia, principal região produtora brasileira. Desde então, a produção cacaueira do Brasil foi drasticamente reduzida e o país, que era um dos principais países produtores de amêndoas de cacau do mundo até então, transformou-se em poucos anos em um importador do produto. O Laboratório de Genômica e Expressão da Unicamp realiza pesquisas visando o entendimento da biologia deste patógeno e de sua interação com o cacaueiro. As novas tecnologias de seqüenciamento têm permitido gerar um grande número de sequências em pouco tempo e a um baixo custo, por exemplo, possibilitando a análise de transcriptomas de forma mais precisa através do seqüenciamento de bibliotecas de cDNA utilizando a plataforma Illumina/solexa (RNA-seq). Essa técnica é bastante promissora e vem substituindo os microarrays nos trabalhos de análise de expressão. Contudo, por ser uma técnica nova, existem muitas discussões sobre os métodos utilizados para a montagem de transcriptomas, pois o seqüenciamento não gera uma cobertura uniforme dos reads devido à variação da expressão de cada transcrito, dos métodos estatísticos para o cálculo da expressão gênica e dos problemas no alinhamento dos reads de RNA-seq, pois nem sempre é possível determinar de onde esses reads são derivados. Outro ponto importante é que um experimento de RNA-seq gera informações sobre RNAs não codificantes, eventos de transcrição alternativa e retenção de introns que precisam ser identificados corretamente. O objetivo desse trabalho é desenvolver um procedimento completo para a análise de RNA-seq utilizando softwares já disponíveis e desenvolvendo novos softwares conforme for necessário aplicando essa metodologia para analisar as bibliotecas de interação entre o cacaueiro e o M. perniciosa. (AU)

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

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