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Efeito do interferon-gama na expressão gênica e splicing de leucócitos de pacientes com doença granulomatosa crônica

Processo: 14/15920-0
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 15 de janeiro de 2015
Vigência (Término): 14 de janeiro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Imunologia - Imunologia Aplicada
Pesquisador responsável:Antonio Condino Neto
Beneficiário:Josias Brito Frazão
Supervisor no Exterior: Rémy Bruggmann
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Bern, Suíça  
Vinculado à bolsa:13/50460-8 - Caracterização do perfil de splicing e transcriptômico de leucócitos de pacientes com doença granulomatosa crônica estimulados com IFN-gama, BP.PD
Assunto(s):NADPH oxidase   Expressão gênica   Imunidade inata

Resumo

Sequenciamento de RNA de alto rendimento (RNA-seq) é um método poderoso para a descoberta, a identificação de perfil e a quantificação de transcritos de RNA, tornando em possível sua utilização para a identificação de eventos de splicing. No entanto, a necessidade de análise de dados de RNA-seq e interpretação continua sendo um grande obstáculo para muitas pesquisas e aplicações clínicas. Um dos principais objetivos deste projeto é identificar os genes diferencialmente expressos na Doença Granulomatosa Crônica (DGC) pelo tratamento in vitro com IFN-³. A DGC é uma doença caracterizada por infecções recidivantes graves devido a defeitos genéticos que causam uma diminuição da função do sistema NADPH oxidase de fagócitos humano, um sistema crítico para a geração de superóxido e outros reativos intermediários do oxigênio e na defesa contra patógenos. O nosso grupo demonstrou que o IFN-³ interfere no processamento do RNAm aumentando a expressão do gene CYBB que codifica a proteína gp91-phox e atua a nível pré-transcricional aumentando a quantidade de transcritos e proteínas envolvidas no processo de splicing em indivíduos saudáveis e em pacientes com DGC. Por meio do uso da tecnologia de RNA-seq e ferramentas personalizadas de bioinformática para selecionar especificamente genes com base em uma combinação de alteração de limite de expressão e valores de corte, baseados nos valores de P gerados por modelagem estatística, nosso objetivo é ser capaz de identificar diferentes padrões na dinâmica do processo de splicing e alterações transcriptômicas que ocorre durante o processamento de RNAm que são induzidos pelo IFN-³ em leucócitos de indivíduos normais e de pacientes com DGC ligado ao X ocasionado por defeitos de splicing. Este trabalho proposto visa avançar na compreensão do mecanismo de splicing que regula a expressão de genes relacionados com a linhagem mielóide (Proc. Fapesp 2012/51094-2 e 2013/50460-8). (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FRAZAO, JOSIAS B.; COLOMBO, MARTINO; SIMILLION, CEDRIC; BILICAN, ADEM; KELLER, IRENE; WUETHRICH, DANIEL; ZHU, ZHIQING; OKONIEWSKI, MICHAL J.; BRUGGMANN, REMY; CONDINO-NETO, ANTONIO; NEWBURGER, PETER E. Gene expression in chronic granulomatous disease and interferon-gamma receptor-deficient cells treated in vitro with interferon-gamma. Journal of Cellular Biochemistry, v. 120, n. 3, p. 4321-4332, MAR 2019. Citações Web of Science: 0.

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