Identificação de transcritos e padrões de expressão utilizando RNA-seq

• Processo: 11/03050-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2011
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2012
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
• Beneficiário: Osvaldo Reis Júnior
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/50119-9 - Estudo integrado e comparativo de três doenças fúngicas do cacau: vassoura-de-bruxa, monilíase e mal do facão, visando à compreensão de mecanismos de patogenicidade para o desenvolvimento de estratégias de controle, AP.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Expressão gênica Análise de sequência de RNA Transcriptoma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | expressão gênica | RNA-seq | Transcriptoma | Bioinformática

Resumo

O fungo basidiomiceto Moniliophthora perniciosa é o agente etiológico da doença Vassoura de Bruxa no cacaueiro (Theobroma cacao). Em 1989, relatou-se pela primeira vez a ocorrência da doença no sul da Bahia, principal região produtora brasileira. Desde então, a produção cacaueira do Brasil foi drasticamente reduzida e o país, que era um dos principais países produtores de amêndoas de cacau do mundo até então, transformou-se em poucos anos em um importador do produto. O Laboratório de Genômica e Expressão da Unicamp realiza pesquisas visando o entendimento da biologia deste patógeno e de sua interação com o cacaueiro. As novas tecnologias de seqüenciamento têm permitido gerar um grande número de sequências em pouco tempo e a um baixo custo, por exemplo, possibilitando a análise de transcriptomas de forma mais precisa através do seqüenciamento de bibliotecas de cDNA utilizando a plataforma Illumina/solexa (RNA-seq). Essa técnica é bastante promissora e vem substituindo os microarrays nos trabalhos de análise de expressão. Contudo, por ser uma técnica nova, existem muitas discussões sobre os métodos utilizados para a montagem de transcriptomas, pois o seqüenciamento não gera uma cobertura uniforme dos reads devido à variação da expressão de cada transcrito, dos métodos estatísticos para o cálculo da expressão gênica e dos problemas no alinhamento dos reads de RNA-seq, pois nem sempre é possível determinar de onde esses reads são derivados. Outro ponto importante é que um experimento de RNA-seq gera informações sobre RNAs não codificantes, eventos de transcrição alternativa e retenção de introns que precisam ser identificados corretamente. O objetivo desse trabalho é desenvolver um procedimento completo para a análise de RNA-seq utilizando softwares já disponíveis e desenvolvendo novos softwares conforme for necessário aplicando essa metodologia para analisar as bibliotecas de interação entre o cacaueiro e o M. perniciosa. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

REIS JÚNIOR, Osvaldo. Identificação e padrões de expressão de transcritos derivados de RNA-Seq: caracterização molecular do fungo Moniliophthora perniciosa, causador da vassoura-de-bruxa do cacaueiro. 2014. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.