Cariótipo molecular e evolução cromossômica em Trypanosoma cruzi: polimorfismo, análise sintênica e aneuploidia entre isolados de diferentes linhagens de T. cruzi e entre clones isolados de uma mesma cepa

• Processo: 12/03137-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Pesquisador responsável: José Franco da Silveira Filho
• Beneficiário: Danielle Rodrigues Cortez Maldonado
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Sintenia Cromossomos Evolução cromossômica Genômica estrutural Aneuploidia Trypanosoma cruzi
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: aneuploidia | cromossomo | Evolução Cromossômica | hibridização genômica comparativa (aCGH) | Sintenia | Trypanosoma cruzi | Genomica Estrutural

Resumo

Trypanosoma cruzi compreende um conjunto de populações distinto em termos de conteúdo de DNA, perfil de isoenzimas, crescimento e infectividade. Tem sido relatada a existência de heterogeneidade cariotípica entre diferentes cepas e entre isolados de uma mesma cepa parental, sugerindo que rearranjos cromossômicos ocorreram durante a evolução do parasita. O genoma de T. cruzi foi sequenciado de um isolado híbrido (CL Brener). Entretanto, devido a alta variação alélica e a natureza repetitiva do genoma, a sequência linear completa dos cromossomos não pôde ser determinada. Por esta razão, a determinação dos cromossomos e a ploidia são importantes para definir a organização genômica do parasita. T. cruzi é geralmente considerado um organismo diplóide, embora a ocorrência de aneuploidia cromossômica tenha sido observada por hibridização genômica comparativa (aCGH) em microarranjos de DNA. Tem sido sugerido que polimorfismos cromossômicos poderiam fazer parte do arsenal usado pelo parasita para responder a pressão ambiental.Neste projeto, propomos investigar o polimorfismo, sintenia e aneuploidia cromossômica entre isolados de diferentes linhagens e clones de uma mesma cepa parental pela combinação de duas abordagens: 1) comparação do cariótipo molecular - identificação de rearranjos cromossômicos por hibridização das bandas cromossômicas separadas por eletroforese de campo pulsado (PFGE) com marcadores cromossomos-específicos; e 2) hibridização genômica comparativa (aCGH). A análise do cariótipo e hibridização com marcadores específicos fornece dados sobre a sintenia e a ocorrência de rearranjos cromossômicos (deleção, duplicação e translocação). A técnica de aCGH é capaz de detectar perda, ganho e amplificação do número de cópias de genes nos cromossomos de uma população celular. Utilizaremos clones derivados de uma única célula de sua cepa parental: clone D11, isolado da cepa G (linhagem TcI), clone TCC2177 clone 4.2 derivado da cepa TCC2177 (TcIII) e clone TCC2124 Clone 1- T. cruzi can III isolado da cepa canIII. Em estudos preliminares, nós demonstramos que os cariótipos destes clones diferem do cariótipo de suas respectivas cepas parentais tanto em número quanto em tamanho das bandas cromossômicas. Procuraremos por mosaicismo cromossômico como uma característica constitutiva de T. cruzi, tal como foi descrito em Leishmania.