Avaliação da expressão alélica em genes associados à maciez de carne em animais Nelore por meio de análise transcriptômica.

• Processo: 12/20328-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2012
• Data de Término da vigência: 10 de abril de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Luciana Correia de Almeida Regitano
• Beneficiário: Marcela Maria de Souza
• Instituição Sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 14/15183-6 - Identificação e caracterização do repertório de fatores de transcrição de bovinos, BE.EP.DR
• Assunto(s): Qualidade da carne Análise de sequência de RNA Biologia molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dae | imprint | qualidade de carne | RNA-seq | Biologia Molecular

Resumo

A maciez da carne bovina é a característica mais apreciada pelo consumidor mundial, no entanto, teve pouco destaque nos programas de melhoramento de gado de corte no Brasil até o presente momento, devido ao fato da maciez ser mensurada tardiamente, após o abate do animal. Assim, como alternativa para aumentar a competitividade do país no comércio internacional de carne, estudos de genética molecular têm focado características de qualidade como a maciez da carne. Identificar polimorfismos em genes que ajudam a explicar a variância fenotípica dessa característica pode auxiliar na predição precoce do potencial genético do animal que, somadas às ferramentas clássicas de melhoramento genético resultariam na maximização da resposta à seleção. Contudo, para definir a real contribuição das diferenças de sequência de DNA na diversidade fenotípica é preciso compreender os mecanismos que regulam a expressão gênica, já que variações na expressão dos genes também podem resultar em variação fenotípica entre indivíduos. Diferenças de expressão alélica (EAD; expressão alélica diferencial) também podem contribuir para diversidade fenotípica, e esse campo tem sido pouco estudado em bovinos. A EAD dependente da origem parental do alelo, como ocorre no caso de genes imprinted, pode influenciar na precisão da seleção e afetar os modelos estatísticos do melhoramento animal por causarem diferenças entre valores genéticos preditos e observados. Assim, o presente trabalho tem por objetivo analisar a distribuição da EAD ao longo do genoma bovino em tecido muscular a fim de identificar genes associados com maciez que apresentam padrão de expressão imprint ou EAD, além de elucidar as possíveis causas do desequilíbrio alélico. Para isso será realizado o sequenciamento do genoma de 17 animais de cada extremo para a característica maciez da carne por meio de tecnologias de nova geração, equipamento HiScanSQ da Illumina e a validação do desequilíbrio da expressão alélica será feito por sistema TaqMan®. Assim este estudo irá ampliar o conhecimento científico e identificar genes associados à maciez que apresentem variações na expressão alélica, podendo ser incluídos posteriormente nos modelos estatísticos visando maior precisão no melhoramento genético de bovinos.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE SOUZA, MARCELA MARIA; ZERLOTINI, ADHEMAR; PEREIRA ROCHA, MARINA IBELLI; BRUSCADIN, JENNIFER JESSICA; DA SILVA DINIZ, WELLISON JARLES; CARDOSO, TAINA FIGUEIREDO; MELLO CESAR, ALINE SILVA; AFONSO, JULIANA; NASCIMENTO ANDRADE, BRUNO GABRIEL; MUDADU, MAURICIO DE ALVARENGA; et al. Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, JUN 23 2020. (12/20328-8, 12/23638-8)

DE SOUZA, MARCELA M.; ZERLOTINI, ADHEMAR; GEISTLINGER, LUDWIG; TIZIOTO, POLYANA C.; TAYLOR, JEREMY F.; ROCHA, MARINA I. P.; DINIZ, WELLISON J. S.; COUTINHO, LUIZ L.; REGITANO, LUCIANA C. A.. A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, SEP 13 2018. (12/23638-8, 12/20328-8, 14/15183-6)