Imputação de marcadores moleculares em bovinos da raça Canchim

• Processo: 13/02175-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2013
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Danísio Prado Munari
• Beneficiário: Tatiane Cristina Seleguim Chud
• Supervisor: Flavio S. Schenkel
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Guelph, Canadá
• Vinculado à bolsa: 12/21891-8 - Imputação de Marcadores Moleculares em bovinos da raça Canchim, BP.MS
• Assunto(s): Melhoramento genético animal Seleção genética Bovinos de corte
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bovinos de corte | painel de alta densidade | selecao genomica | Melhoramento Genético de bovinos de corte

Resumo

Com o desenvolvimento de novos painéis para genotipagem em alta densidade, contendo dezenas de milhares de marcadores do tipo SNP (polimorfismos de nucleotídeo únicos), a seleção genômica tornou-se um método de seleção muito atrativo e promissor. Entretanto, o custo deste painel ainda é alto, o que dificulta a genotipagem de todos os animais candidatos à seleção. Uma das estratégias para reduzir esses custos seria a utilização de painéis de baixa densidade, aliada ao uso de métodos de imputação. O método de imputação consiste na predição de marcadores não contidos no painel de baixa densidade por meio de genótipos oriundos de animais genotipados utilizando painel de alta densidade (HD). Deste modo, o objetivo deste estudo é comparar metodologias para imputação de marcadores moleculares em bovinos da raça Canchim, visando futura aplicação dos marcadores imputados para seleção genômica. Serão utilizadas informações genômicas de 400 animais da raça Canchim, obtidas por meio do painel de alta densidade (777.962 marcadores moleculares). Os animais serão divididos em dois grupos distintos, denominados de população referência e imputação. Para a população de imputação serão simulados painéis de baixa densidade por meio de diferentes cenários. A imputação dos genótipos será realizada pelos softwares FImpute (versão 2) e BEAGLE. Para o cálculo da acurácia de imputação, os genótipos imputados serão comparados com os verdadeiros marcadores presentes nos painéis HD iniciais. (AU)