Construção de linhagem knockout para um RNA não-codificante da família HgcC em Halobacterium salinarum e avaliação fenotípica

• Processo: 13/05652-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Andrea Oshima de Aguiar
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP
• Assunto(s): RNAs não codificadores Elementos reguladores de transcrição Superexpressão gênica Archaea Halobacterium salinarum
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: H | knockout | non-coding RNA | salinarum | Bioinformática / Biologia Sistêmica

Resumo

A caracterização funcional de RNAs não-codificantes tem revelado novos elementos regulatórios no genoma (Mattick 2009). Em procariotos de genoma compacto, a importância e função desses elementos é ainda pouco conhecida em escala genômica, especialmente no terceiro domínio da vida, Archaea. Nosso grupo de pesquisa identificou pelo menos 103 possíveis RNAs não-codificantes no genoma da Archaea halófila Halobacterium salinarum, através de experimentos de tiling arrays (Koide et al, 2009) e RNAseq. Dentre eles, selecionamos um ncRNA denominado -1dexpress, cuja expressão é regulada durante a curva de crescimento e apresenta um motivo conservado em outros organismos (Tang et al, 2005). Primeiramente, foram estabelecidos os limites 5' e 3' do transcrito e então foi construída uma linhagem que superexpressa este ncRNA com a finalidade de elucidar e caracterizar o seu papel no circuito. Para dar continuidade a esse estudo, propõe-se neste projeto a construção da linhagem knockout para o ncRNA -1dexpress e a avaliação fenotípica dessa linhagem sob estresses ambientais. Desta forma, pretende-se obter dados experimentais que forneçam evidências da função e importância deste ncRNA conservado em diversas Archaea.