Análise do transcriptoma de Trichophyton rubrum: estrutura, expressão e regulação gênica envolvidas com a patogenicidade

• Processo: 13/19195-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 06 de janeiro de 2014
• Data de Término da vigência: 05 de maio de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Nilce Maria Martinez-Rossi
• Beneficiário: Gabriela Felix Persinoti
• Supervisor: Christina Cuomo
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Broad Institute, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 12/22232-8 - Identificação de RNAs não codificantes e avaliação de seu envolvimento na patogenicidade do dermatófito Trichophyton rubrum, BP.PD
• Assunto(s): Biologia computacional Regulação da expressão gênica Trichophyton Arthrodermataceae
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Gene regulatory network | non-coding RNA | Trichophyton rubrum | Bioinformática

Resumo

Os dermatófitos são um grupo filogeneticamente relacionados de fungos filamentosos capazes de invadir e colonizar tecidos queratinizados de humanos e animais. Estas espécies podem ser classificadas como geofílicos, zoofílicos e antropofílicos, de acordo com seu habitat preferencial, como o solo, animais e humanos, respectivamente. O genoma de sete espécies de dermatófitos foi recentemente sequenciado e análises de genômica comparativa demonstraram que estas espécies apresentam poucas diferenças entre os seus genes e na organização de seus genomas, apresentando um elevado grau de colinearidade e relativamente poucos genes específicos de cada espécie. Embora haja uma elevada semelhança, cada espécies é adaptada a um hospedeiro específico. Esta especificidade nicho pode estar relacionada a regulação diferencial por cada espécies de fatores de virulência, que podem ser resultante da interação de diversos componentes da célula, tais como proteínas, DNA, RNA e também pequenas moléculas, tais como RNAs não-codificantes (ncRNAs) . A proposta deste projeto é avaliar o transcriptoma da espécie antropofílica Trichophyton rubrum com o objetivo de construir uma rede de regulação gênica, a fim de identificar genes relacionados à patogenicidade. Propõe-se também a identificação de ncRNAs e os sítios de início de transcrição de genes de T. rubrum que podem revelar informações importantes sobre a estrutura e mecanismos de regulação gênica neste organismo, revelando mecanismos ainda não conhecidos. Os resultados obtidos fornecerão informações mais detalhadas sobre a estrutura de genes e do genoma, além de perfis transcricionais relacionados à patogenicidade deste organismo, que será de grande valor para a comunidade que trabalha com dermatófitos, revelando aspectos interessantes da patogenicidade de T. rubrum. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

PERSINOTI, GABRIELA F.; MARTINEZ, DIEGO A.; LI, WENJUN; DOGEN, AYLIN; BILLMYRE, R. BLAKE; AVERETTE, ANNA; GOLDBERG, JONATHAN M.; SHEA, TERRANCE; YOUNG, SARAH; ZENG, QIANDONG; et al. Whole-Genome Analysis Illustrates Global Clonal Population Structure of the Ubiquitous Dermatophyte Pathogen Trichophyton rubrum. Genetics, v. 208, n. 4, p. 1657-1669, APR 2018. (13/19195-6, 12/22232-8)